Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tacttccgccatgctattcacacaatgtccattgctcaagtgctcggtttattttgtatcctatgcttgttggattgaacactttaatgttgtttttcagGTCACCTTGGTGGTCAACTATGATATTCCTGTGAAGAATACTTCAAATAGACATGCTTATGCCGAGCCTGACTATGAGACTTACTTGCATCGGATTGGTC

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S492_4V6.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67727778|gb|BJ978037.1|BJ978037
EST:     TTTGATCAAGCCCAG                         GTCACCTTGGTGGTCAACTATGATATTCCTGTGAAGAATACTTCAAATAGA
genomic: TTTGATCAAGCCCAGgtatgcagca ... tgtttttcagGTCACCTTGGTGGTCAACTATGATATTCCTGTGAAGAATACTTCAAATAGA
EST: gi|22491659|gb|BU051582.1|BU051582
EST:     AGATTCTGATCGCTACTGATGTACTTGCACGTGGCTTTGATCAAGCCCAG                         GTCACCTTGGTGGTCAACTATGATATTCCT
genomic: AGATTCTGATCGCTACTGATGTACTTGCACGTGGCTTTGATCAAGCCCAGgtatgcagca ... tgtttttcagGTCACCTTGGTGGTCAACTATGATATTCCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggtttattttgtatcctatgcttgttggattgaacactttaatgttgtttttcagGTCACCTTGGTGGTCAACTATGATATTCCTGTGAAGAATACTTCAAATAGACATGCTTATGCCGAGCCTGACTATGAGACTTACTTGCATCGGATTGGTC
                                    ctttaat  putative branch site (score: 4)
                                            ttgtttttc  CT-rich tract
                                     tttaatgttgttttt  TA-rich tract