Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgctaagccctcttaatactgtcgcctcgatcatcaaaaaaattggcgttcctgtgtcattgataacggacttctcagtttcatcccaaatcacagtgggtttgtgagaccgtaaactgataggtgaatctgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTGAATGCTGTAGACGACAATACTTTGCAAGTTGGCTCTCAAACCATCAAGG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S309_84V6.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100416916|gb|BY993152.1|BY993152
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|67712630|gb|BJ966079.1|BJ966079
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|18357408|gb|BJ189467.1|BJ189467
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAG
EST: gi|208361278|gb|DC930864.1|DC930864
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|208353409|gb|DC938686.1|DC938686
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|67709777|gb|BJ965593.1|BJ965593
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|100418832|gb|BY975761.1|BY975761
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTATACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|208370793|gb|DC936197.1|DC936197
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|100391292|gb|BY971583.1|BY971583
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAAGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|18345809|gb|BJ177852.1|BJ177852
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCT
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCT
EST: gi|208389928|gb|DC937759.1|DC937759
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGANGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|18359051|gb|BJ191111.1|BJ191111
EST:     TGTTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: TGT-CGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|208393363|gb|DC942475.1|DC942475
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|67716800|gb|BJ967059.1|BJ967059
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|18351302|gb|BJ183354.1|BJ183354
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCC
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCC
EST: gi|100370194|gb|BY985289.1|BY985289
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|100407403|gb|BY991684.1|BY991684
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|18374342|gb|BJ205920.1|BJ205920
EST:     TGGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: TG-TCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|100450224|gb|CJ974156.1|CJ974156
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGANGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|100390873|gb|BY989356.1|BY989356
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|67719585|gb|BJ969844.1|BJ969844
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|162271003|gb|FC447408.1|FC447408
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|18352108|gb|BJ184162.1|BJ184162
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|208357982|gb|DC943080.1|DC943080
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|100388397|gb|BY951999.1|BY951999
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|100409472|gb|BY992028.1|BY992028
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|18362200|gb|BJ194270.1|BJ194270
EST:     TGGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: TG-TCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|208389902|gb|DC937733.1|DC937733
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|100408961|gb|BY974303.1|BY974303
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTANACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|208389487|gb|DC942194.1|DC942194
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|67717293|gb|BJ967552.1|BJ967552
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|208389270|gb|DC933298.1|DC933298
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|67709719|gb|BJ965535.1|BJ965535
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|208367329|gb|DC939859.1|DC939859
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GNATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|67710128|gb|BJ965863.1|BJ965863
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|208366788|gb|DC940102.1|DC940102
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|100435098|gb|BY979071.1|BY979071
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|18348603|gb|BJ180652.1|BJ180652
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|67717669|gb|BJ967928.1|BJ967928
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|208387109|gb|DC941281.1|DC941281
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|100388056|gb|BY988529.1|BY988529
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|100410315|gb|BY992045.1|BY992045
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|67573346|gb|BJ946170.1|BJ946170
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|208375286|gb|DC940439.1|DC940439
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|67717837|gb|BJ968096.1|BJ968096
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGGAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|100424875|gb|BY976860.1|BY976860
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
EST: gi|208394373|gb|DC942533.1|DC942533
EST:     ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATG                         GCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG
genomic: ATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 34 (upstream exon), 34 (downstream exon)
Score: 15

GTGTGGGAGGATTGGAAGACTTGTTCTCCGTGTCATCCTCGCCAGGGACGATGTCGAAGTTGTTGCCGTAAACGACCCCTTCATTGACACCAAGTACATGgtatgctaag ... tgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTGAATGCTGTAGACGACAATACTTTGCAAGTTGGCTCTCAAACCATCAAGG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccaaatcacagtgggtttgtgagaccgtaaactgataggtgaatctgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTGAATGCTGTAGACGACAATACTTTGCAAGTTGGCTCTCAAACCATCAAGG
                             aactgat  putative branch site (score: 15)
                                           tctgttct  putative PPT
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgctaagccctcttaatactgtcgcctcgatcatcaaaaaaattggcgttcctgtgtcattgataacggacttctcagtttcatcccaaatcacagtgggtttgtgagaccgtaaactgataggtgaatctgttctgtagGCATATTTGTTGAAGTACGACTCTACCCATGGGCTCCTCAAGTCCGAGGTGAATGCTGTAGACGACAATACTTTGCAAGTTGGCTCTCAAACCATCAAGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG