Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttccaagtttaagttacaagagaatctgccatgtgttggtggctctcaggtctagacgtttgttacgcccgcgttatttgacgttatgtgttggaatcagAGCTGCGCAATGCGGTGTTTGCCAAGGTCGCACAAGGCACAATACGCAATGTGGCCCGCAAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S249_41V6.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162165441|gb|FC340877.1|FC340877
EST:     GGTTCTCCTTGGTTACGGTATTGCTCGAGCTGGTGCTTCAGCATGCAACG                         AGCTGCGCAATGCGGTGTTTGCCAAGGTCGCACAAGGCACAATACGCAATG
genomic: GGTTCTCCTTGGTTACGGTATTGCTCGAGCTGGTGCTTCAGCATGCAACGgtgagagacc ... ttggaatcagAGCTGCGCAATGCGGTGTTTGCCAAGGTCGCACAAGGCACAATACGCAATG
EST: gi|162166195|gb|FC343425.1|FC343425
EST:     GGTTCTCCTTGGTTACGGTATTGCTCGAGCTGGTGCTTCAGCATGCAACG                         AGCTGCGCAATGCGGTGTTTGCCAAGGTCGCACAAGGCACAATACGCAATG
genomic: GGTTCTCCTTGGTTACGGTATTGCTCGAGCTGGTGCTTCAGCATGCAACGgtgagagacc ... ttggaatcagAGCTGCGCAATGCGGTGTTTGCCAAGGTCGCACAAGGCACAATACGCAATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcaggtctagacgtttgttacgcccgcgttatttgacgttatgtgttggaatcagAGCTGCGCAATGCGGTGTTTGCCAAGGTCGCACAAGGCACAATACGCAATGTGGCCCGCAAG
                              atttgac  putative branch site (score: 4)
                            ttatttga  TA-rich tract