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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagatgcagatttttgacacattgtttcactatgttttggtcatgtctatgaccaagcactgaatatttccgtagaagcctcctctctattagtgatatttgttctctcgtaacgcatgcagcatttggtcttaattcctcgagccttaatttaatcaccggtttcaatcttccttggcagCGTCAATCGAATCTACGGCGTTATTGAGTGCGATCAACTAGTACTTGCAGAGATTGATCAATCG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S246_118V6.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162164597|gb|FC341892.1|FC341892
EST:     CTACGACCAGCATTTCAGCACAAGTTTAAAAATCACGTTCTGCGGCAAAA                         CGTCAATCGAATCTACGGCGTTATTGAGTGCGATCAACTAGTACTTGCAGA
genomic: CTACGACCAGCATTTCAGCACAAGTTTAAAAATCACGTTCTGCGGCAAAAgtgagatgca ... tccttggcagCGTCAATCGAATCTACGGCGTTATTGAGTGCGATCAACTAGTACTTGCAGA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tggtcttaattcctcgagccttaatttaatcaccggtttcaatcttccttggcagCGTCAATCGAATCTACGGCGTTATTGAGTGCGATCAACTAGTACTTGCAGAGATTGATCAATCG
                                    tttcaatcttcctt  CT-rich tract
                    ttaatttaatca  TA-rich tract