1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtataaaattcatcatccttggacttcttcaattattgttctgaaccgcttatttctactactgcaaaaaataatttgagaaaaggatgtgtctcattgacttcgaacttttttgactttaggtgctctgagcagcttgtggtgctgtagatgacgtgtgtgagtggcacatgcagATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGTGCTACGCTGCCCAAAGGAACATTTGTGAAACTTCAGCCCCATACAAAAG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S245_32V6.2 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGG ATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGTEST: gi|100406597|gb|BY955683.1|BY955683
genomic: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGGgtataaaatt ... gcacatgcagATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGT
EST: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGG ATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGTEST: gi|100418696|gb|BY975696.1|BY975696
genomic: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGGgtataaaatt ... gcacatgcagATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGT
EST: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGG ATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGTEST: gi|208387770|gb|DC941339.1|DC941339
genomic: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGGgtataaaatt ... gcacatgcagATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGT
EST: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTCACATGCCGTACTGG ATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGTEST: gi|100415871|gb|BY956965.1|BY956965
genomic: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGGgtataaaatt ... gcacatgcagATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGT
EST: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGG ATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGTEST: gi|67508675|gb|BJ941536.1|BJ941536
genomic: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGGgtataaaatt ... gcacatgcagATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGT
EST: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGG ATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGTEST: gi|100448950|gb|CJ973249.1|CJ973249
genomic: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGGgtataaaatt ... gcacatgcagATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGT
EST: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGG ATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGTEST: gi|208349271|gb|DC906385.1|DC906385
genomic: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGGgtataaaatt ... gcacatgcagATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGT
EST: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGG ATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGTEST: gi|208346232|gb|DC905221.1|DC905221
genomic: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGGgtataaaatt ... gcacatgcagATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGT
EST: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGG ATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGTEST: gi|208352262|gb|DC906337.1|DC906337
genomic: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGGgtataaaatt ... gcacatgcagATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGT
EST: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGG ATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGTEST: gi|208366055|gb|DC935844.1|DC935844
genomic: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGGgtataaaatt ... gcacatgcagATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGT
EST: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGG ATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGTEST: gi|208372135|gb|DC940317.1|DC940317
genomic: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGGgtataaaatt ... gcacatgcagATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGT
EST: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGG ATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGTEST: gi|18358101|gb|BJ190160.1|BJ190160
genomic: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGGgtataaaatt ... gcacatgcagATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGT
EST: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGG ATGATGCANAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGTEST: gi|208390049|gb|DC938104.1|DC938104
genomic: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGGgtataaaatt ... gcacatgcagATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGT
EST: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGG ATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGTEST: gi|100419714|gb|BY957686.1|BY957686
genomic: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGGgtataaaatt ... gcacatgcagATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGT
EST: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGG ATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGTEST: gi|208358250|gb|DC930691.1|DC930691
genomic: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGGgtataaaatt ... gcacatgcagATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGT
EST: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGG ATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGTEST: gi|208357678|gb|DC934130.1|DC934130
genomic: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGGgtataaaatt ... gcacatgcagATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGT
EST: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGG ATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGTEST: gi|100442532|gb|BY963226.1|BY963226
genomic: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGGgtataaaatt ... gcacatgcagATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGT
EST: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGG ATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGTEST: gi|100366066|gb|BY967268.1|BY967268
genomic: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGGgtataaaatt ... gcacatgcagATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGT
EST: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGG ATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGTEST: gi|208366022|gb|DC935839.1|DC935839
genomic: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGGgtataaaatt ... gcacatgcagATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGT
EST: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGG ATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGTEST: gi|100386786|gb|BY970327.1|BY970327
genomic: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGGgtataaaatt ... gcacatgcagATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGT
EST: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGG ATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGTEST: gi|208374981|gb|DC956391.1|DC956391
genomic: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGGgtataaaatt ... gcacatgcagATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGT
EST: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGG ATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGTEST: gi|208363142|gb|DC954342.1|DC954342
genomic: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGGgtataaaatt ... gcacatgcagATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGT
EST: GCGTGCTGGAG-TTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTCACATGCCGTACTGG ATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGTEST: gi|208356440|gb|DC934430.1|DC934430
genomic: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGGgtataaaatt ... gcacatgcagATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGT
EST: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGG ATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGTEST: gi|208386327|gb|DC932823.1|DC932823
genomic: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGGgtataaaatt ... gcacatgcagATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGT
EST: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGG ATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGTEST: gi|208387581|gb|DC953323.1|DC953323
genomic: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGGgtataaaatt ... gcacatgcagATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGT
EST: GCGTGCTNGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGG ATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGT
genomic: GCGTGCTGGAGTTTGTGGCAGAGGAAGGCATGATTTACATGCCGTACTGGgtataaaatt ... gcacatgcagATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtataaaattcatcatccttggacttcttcaattattgttctgaaccgcttatttctactactgcaaaaaataatttgagaaaaggatgtgtctcattgacttcgaacttttttgactttaggtgctctgagcagcttgtggtgctgtagatgacgtgtgtgagtggcacatgcagATGATGCAGAATATGCTGTTGCAGGAAGGTGACATTGTTAGAGTGAAGAGTGCTACGCTGCCCAAAGGAACATTTGTGAAACTTCAGCCCCATACAAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA