1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...aagttttgtgccgctcttaggaatctgctgcgtgaaaatcatgcattgattttggacagtgaagctgattatggtgtgttatttgagttctgggtaatagTGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAACAGCTCCTGATATCGCTGGCAAG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S199_33V6.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAG TGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAACEST: gi|18340057|gb|BJ172085.1|BJ172085
genomic: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAGgtaagtttag ... tgggtaatagTGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAAC
EST: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAG TGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAACEST: gi|67726238|gb|BJ976497.1|BJ976497
genomic: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAGgtaagtttag ... tgggtaatagTGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAAC
EST: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAG TGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAACEST: gi|162246372|gb|FC419934.1|FC419934
genomic: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAGgtaagtttag ... tgggtaatagTGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAAC
EST: GTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAG TGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAACEST: gi|162174845|gb|FC351637.1|FC351637
genomic: GTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAGgtaagtttag ... tgggtaatagTGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAAC
EST: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAG TGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAACEST: gi|37853210|gb|BJ611218.1|BJ611218
genomic: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAGgtaagtttag ... tgggtaatagTGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAAC
EST: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCNTAG TGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAACEST: gi|162235877|gb|FC411620.1|FC411620
genomic: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAGgtaagtttag ... tgggtaatagTGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAAC
EST: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAG TGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAACEST: gi|67725138|gb|BJ975397.1|BJ975397
genomic: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAGgtaagtttag ... tgggtaatagTGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAAC
EST: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAG TGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAACEST: gi|67696691|gb|BJ956924.1|BJ956924
genomic: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAGgtaagtttag ... tgggtaatagTGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAAC
EST: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAG TGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAACEST: gi|162261041|gb|FC437435.1|FC437435
genomic: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAGgtaagtttag ... tgggtaatagTGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAAC
EST: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAG TGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAACEST: gi|208375010|gb|DC956406.1|DC956406
genomic: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAGgtaagtttag ... tgggtaatagTGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAAC
EST: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAG TGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAACEST: gi|162182686|gb|FC359433.1|FC359433
genomic: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAGgtaagtttag ... tgggtaatagTGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAAC
EST: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAG TGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAACEST: gi|208361101|gb|DC957552.1|DC957552
genomic: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAGgtaagtttag ... tgggtaatagTGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAAC
EST: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAG TGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAACEST: gi|37836533|gb|BJ594541.1|BJ594541
genomic: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAGgtaagtttag ... tgggtaatagTGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAAC
EST: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAG TGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAACEST: gi|18336310|gb|BJ168332.1|BJ168332
genomic: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAGgtaagtttag ... tgggtaatagTGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAAC
EST: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAG TGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAACEST: gi|162155666|gb|FC331279.1|FC331279
genomic: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAGgtaagtttag ... tgggtaatagTGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAAC
EST: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAG TGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAACEST: gi|162261042|gb|FC437436.1|FC437436
genomic: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAGgtaagtttag ... tgggtaatagTGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAAC
EST: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAG TGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAACEST: gi|37826181|gb|BJ584193.1|BJ584193
genomic: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAGgtaagtttag ... tgggtaatagTGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAAC
EST: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAG TGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAACEST: gi|67724281|gb|BJ974540.1|BJ974540
genomic: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAGgtaagtttag ... tgggtaatagTGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAAC
EST: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAG TGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAACEST: gi|37844324|gb|BJ602332.1|BJ602332
genomic: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAGgtaagtttag ... tgggtaatagTGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAAC
EST: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAG TGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAACEST: gi|162174844|gb|FC351636.1|FC351636
genomic: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAGgtaagtttag ... tgggtaatagTGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAAC
EST: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAG TGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAACEST: gi|208385227|gb|DC923593.1|DC923593
genomic: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAGgtaagtttag ... tgggtaatagTGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAAC
EST: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAG TGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAACEST: gi|208367531|gb|DC954963.1|DC954963
genomic: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAGgtaagtttag ... tgggtaatagTGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAAC
EST: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAG TGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAAC
genomic: ATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGATTGACCCCTAGgtaagtttag ... tgggtaatagTGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAAC
ttgattttggacagtgaagctgattatggtgtgttatttgagttctgggtaatagTGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAACAGCTCCTGATATCGCTGGCAAG
agctgat putative branch site (score: 18)
tgttattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aagttttgtgccgctcttaggaatctgctgcgtgaaaatcatgcattgattttggacagtgaagctgattatggtgtgttatttgagttctgggtaatagTGGAAATATTGGAGACAATGGATTGGCCTTGATGGAAGCCGTTCACGGAACAGCTCCTGATATCGCTGGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - -tgctgcg