Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...actcagaatgagctcgtggtttctttatcgtgatgtgtcgattttttcatgtgatgaggttccacatgctgatattgttctatggtatttggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTGGGGACGATGCCGAAACCGATGCTGCTGCTGCCGCCGAGCCAGTTCCCG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S17_306V6.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S17_306V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G030915_T08 (Zea mays), 3'ss of exon 5
actcagaatgagctcgtggtttctttatcgtgatgtgtcgattttttcatgtgatgaggttccacatgctgatattgttctatggtatttggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTGGGGACGATGCCGAAACCGATGCTGCTGCTGCCGCCGAGCCAGTTCCCG
               ||  ||  |    | ||     | ||||||       ||  |  | ||   | ||  | ||   |||     | | | |   ||||||||||| |||||||  ||||| || |||| |||| ||||||||||||| | ||  ||||  |      | |  | |||||| ||||||    ||    
---------------gtaattgttcatgcatg-caaatagattttcca----gactatctccctgttact--tgttagcctaaaacttgttgcttctcagGTTCATGGCGACTACAAAGAGGATGTTGGTGTGAAGCTTGAGAGGCCTGTCGAGGGAGATGAGGCTGTGCAGGAGGTTGCTGCTGCCGAGTAGTTTGTTT

upper sequence: PP1S17_306V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G145258_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
actcagaatgagctcgtggtttctttatcgtgatgtgtcgattttttcatgtgatgaggttccacatgctgatattgttctatggtatttggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTGGGGACGAT---GCCGAAACCGATGCTGCTGCTGCCGCCGAGCCAGTTCCCG
               ||  || ||  ||         | ||||||       ||  |  | ||   | ||  | || | |||     | | | |   ||||||||||| |||||||  ||||| || |||| |||| ||||||||||||| | ||  |||   || |     || | |||||||||||   ||   |||    
---------------gtaattgctacatgcatgcaaatagattttcca----gactatctccctgttact--ttttatcctaaaacttgttgcttctcagGTTCATGGCGACTACAAAGAGGATGTTGGTGTGAAGCTTGAGAGGCCTGTCGAGGGAGATGAGGCTGGGCAGGAGGTTGCTGCTGCCGAGTAGTTTGTTT---

upper sequence: PP1S17_306V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G030915_T09 (Zea mays), 3'ss of exon 4
actcagaatgagctcgtggtttctttatcgtgatgtgtcgattttttcatgtgatgaggttccacatgctgatattgttctatggtatttggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTGGGGACGATGCCGAAACCGATGCTGCTGCTGCCGCCGAGCCAGTTCCCG
               ||  ||  |    | ||     | ||||||       ||  |  | ||   | ||  | ||   |||     | | | |   ||||||||||| |||||||  ||||| || |||| |||| ||||||||||||| | ||  ||||  |      | |  | |||||| ||||||          
---------------gtaattgttcatgcatg-caaatagattttcca----gactatctccctgttact--tgttagcctaaaacttgttgcttctcagGTTCATGGCGACTACAAAGAGGATGTTGGTGTGAAGCTTGAGAGGCCTGTCGAGGGAGATGAGGCTGTGCAGGAGGTTGCTGCTGCCGAGTAG-------

upper sequence: PP1S17_306V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM5G863656_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
actcagaatgagctcgtggtttctttatcgtgatgtgtcgattttttcatgtgatgaggttccacatgctgatattgttctatggtatttggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTGGGGACGATGCCGAAACCGATGCTGCTGCTGCCGCCGAGCCAGTTCCCG
               ||  || ||  || |    |     |||| |  |   ||  |  | ||      ||   || | |||     ||  | |   ||||||||||| |||||||  ||||| || |||| |||| ||||||||||||| | ||  ||||  |  |   | |  | |||||| ||||||    ||    
---------------gtaattactacat-gcatggaaataatttatcta---gacaacatccc------tgtagttatcctaacacgtt--gcttctcagGTTCATGGCGACTACAAAGAGGACGTTGGTGTGAAGCTTGAGAGGCCTGTCGAGGGTGATGAGGCTATGCAGGAGGTTGCTGCTGCCGAGTAGTTTATTT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208376861|gb|DC918774.1|DC918774
EST:     GAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: gi|208399084|gb|DC904493.1|DC904493
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAANCTCATGGAG                         GTNCATGGGGACTACAGCGAGGAA
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAA
EST: gi|37844843|gb|BJ602851.1|BJ602851
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: gi|162268511|gb|FC444384.1|FC444384
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: gi|162276956|gb|FC453054.1|FC453054
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: gi|37821343|gb|BJ579409.1|BJ579409
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: gi|162276316|gb|FC452423.1|FC452423
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: gi|208351416|gb|DC922111.1|DC922111
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: gi|18339627|gb|BJ171654.1|BJ171654
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGTATTGAGAGGCCTGT
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAG-ATTGAGAGGCCTGT
EST: gi|208370232|gb|DC952054.1|DC952054
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: gi|162264534|gb|FC440856.1|FC440856
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: gi|37837711|gb|BJ595719.1|BJ595719
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: gi|162268510|gb|FC444383.1|FC444383
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: gi|208354480|gb|DC953858.1|DC953858
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: gi|208356062|gb|DC918386.1|DC918386
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: gi|162279348|gb|FC455271.1|FC455271
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: gi|162277303|gb|FC453733.1|FC453733
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: gi|67727072|gb|BJ977331.1|BJ977331
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAGGCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: gi|162278252|gb|FC454591.1|FC454591
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: gi|67724806|gb|BJ975065.1|BJ975065
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: gi|208361818|gb|DC939040.1|DC939040
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTNGACT-AATGAAGCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAG
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAG
EST: gi|162227858|gb|FC403666.1|FC403666
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: gi|208387862|gb|DC929206.1|DC929206
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAANCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAGGA
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGA
EST: gi|18340714|gb|BJ172744.1|BJ172744
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: gi|162277304|gb|FC453734.1|FC453734
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTG
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTG
EST: gi|100417991|gb|BY993284.1|BY993284
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG                         GTTCATGG--ACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGGCTGTT
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: gi|18338554|gb|BJ170578.1|BJ170578
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: gi|37830856|gb|BJ588868.1|BJ588868
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: gi|208362474|gb|DC943729.1|DC943729
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: gi|162227859|gb|FC403667.1|FC403667
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGA
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGA
EST: gi|208397993|gb|DC920725.1|DC920725
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: gi|208378354|gb|DC923025.1|DC923025
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: gi|208367617|gb|DC943964.1|DC943964
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: gi|208396266|gb|DC924060.1|DC924060
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: gi|162279347|gb|FC455270.1|FC455270
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: gi|37822676|gb|BJ580742.1|BJ580742
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: gi|162219974|gb|FC396789.1|FC396789
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: gi|162219973|gb|FC396788.1|FC396788
EST:     AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG                         GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 34 (upstream exon), 34 (downstream exon)
Score: 55

TGAGAAGGCAACCCAAGGAATCTACCCACTCCAGAACACGTTCATTAGGAAAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTGGGGACGATGCCGAAACCGATGCTGCTGCTGCCGCCGAGCCAGTTCCCG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttcatgtgatgaggttccacatgctgatattgttctatggtatttggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTGGGGACGATGCCGAAACCGATGCTGCTGCTGCCGCCGAGCCAGTTCCCG
                     tgctgat  putative branch site (score: 55)
                          atattgtt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
actcagaatgagctcgtggtttctttatcgtgatgtgtcgattttttcatgtgatgaggttccacatgctgatattgttctatggtatttggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTGGGGACGATGCCGAAACCGATGCTGCTGCTGCCGCCGAGCCAGTTCCCG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cacatgc