1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...actcagaatgagctcgtggtttctttatcgtgatgtgtcgattttttcatgtgatgaggttccacatgctgatattgttctatggtatttggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTGGGGACGATGCCGAAACCGATGCTGCTGCTGCCGCCGAGCCAGTTCCCG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S17_306V6.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTEST: gi|208399084|gb|DC904493.1|DC904493
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAANCTCATGGAG GTNCATGGGGACTACAGCGAGGAAEST: gi|37844843|gb|BJ602851.1|BJ602851
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAA
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTEST: gi|162268511|gb|FC444384.1|FC444384
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTEST: gi|162276956|gb|FC453054.1|FC453054
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTEST: gi|37821343|gb|BJ579409.1|BJ579409
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTEST: gi|162276316|gb|FC452423.1|FC452423
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTEST: gi|208351416|gb|DC922111.1|DC922111
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTEST: gi|18339627|gb|BJ171654.1|BJ171654
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGTATTGAGAGGCCTGTEST: gi|208370232|gb|DC952054.1|DC952054
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAG-ATTGAGAGGCCTGT
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTEST: gi|162264534|gb|FC440856.1|FC440856
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTEST: gi|37837711|gb|BJ595719.1|BJ595719
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTEST: gi|162268510|gb|FC444383.1|FC444383
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTEST: gi|208354480|gb|DC953858.1|DC953858
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTEST: gi|208356062|gb|DC918386.1|DC918386
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTEST: gi|162279348|gb|FC455271.1|FC455271
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTEST: gi|162277303|gb|FC453733.1|FC453733
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTEST: gi|67727072|gb|BJ977331.1|BJ977331
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAGGCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTEST: gi|162278252|gb|FC454591.1|FC454591
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTEST: gi|67724806|gb|BJ975065.1|BJ975065
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTEST: gi|208361818|gb|DC939040.1|DC939040
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTNGACT-AATGAAGCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGEST: gi|162227858|gb|FC403666.1|FC403666
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAG
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTEST: gi|208387862|gb|DC929206.1|DC929206
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAANCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAEST: gi|18340714|gb|BJ172744.1|BJ172744
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGA
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTEST: gi|162277304|gb|FC453734.1|FC453734
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGEST: gi|100417991|gb|BY993284.1|BY993284
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTG
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG GTTCATGG--ACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGGCTGTTEST: gi|18338554|gb|BJ170578.1|BJ170578
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTEST: gi|37830856|gb|BJ588868.1|BJ588868
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTEST: gi|208362474|gb|DC943729.1|DC943729
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTEST: gi|162227859|gb|FC403667.1|FC403667
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAEST: gi|208397993|gb|DC920725.1|DC920725
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGA
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTEST: gi|208378354|gb|DC923025.1|DC923025
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTEST: gi|208367617|gb|DC943964.1|DC943964
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTEST: gi|208396266|gb|DC924060.1|DC924060
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTEST: gi|162279347|gb|FC455270.1|FC455270
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTEST: gi|37822676|gb|BJ580742.1|BJ580742
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTEST: gi|162219974|gb|FC396789.1|FC396789
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTEST: gi|162219973|gb|FC396788.1|FC396788
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
EST: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAG GTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
genomic: AAGTGAAGATCCTCAAGGCTCCCAAGTTTGACTTAATGAAGCTCATGGAGgtgagtctat ... ggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTT
ttcatgtgatgaggttccacatgctgatattgttctatggtatttggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTGGGGACGATGCCGAAACCGATGCTGCTGCTGCCGCCGAGCCAGTTCCCG
tgctgat putative branch site (score: 55)
atattgtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| actcagaatgagctcgtggtttctttatcgtgatgtgtcgattttttcatgtgatgaggttccacatgctgatattgttctatggtatttggttcgacagGTTCATGGGGACTACAGCGAGGAAGTCGGTGCGAAGATTGAGAGGCCTGTTGGGGACGATGCCGAAACCGATGCTGCTGCTGCCGCCGAGCCAGTTCCCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cacatgc