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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtatgacaagtcgaaagaacctcatttattcgactcgctatggttcgagatgaaatttaggtgtgatcctttgtgtcactgattggcgtgcaatcttttgaagcggtgcagttctcaaaaaagttataatctgaatctgaagcatgtgacttcgtcttgcatagACTTTTCAAATCAAGAAACTTGCACGAGCTGTCAAGGAAGGCACTTTGCATAATCTTATCACCGAACTTCTAGTTTGGCTCTTGGACGAGCGGGTCCTAC

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S131_18V6.1
intron # 44
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100405292|gb|BY955452.1|BY955452
EST:     CTGGAGCCTCCTCAAGATCTTGTAAATATGTCCTCAATACTCTTATGCAG                         ACTTTTCAAATCAAGAAACTTGCACGAGCTGTCAAGGAAGGCACTTTGCAT
genomic: CTGGAGCCTCCTCAAGATCTTGTAAATATGTCCTCAATACTCTTATGCAGgtatgtatga ... tcttgcatagACTTTTCAAATCAAGAAACTTGCACGAGCTGTCAAGGAAGGCACTTTGCAT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agttctcaaaaaagttataatctgaatctgaagcatgtgacttcgtcttgcatagACTTTTCAAATCAAGAAACTTGCACGAGCTGTCAAGGAAGGCACTTTGCATAATCTTATCACCGAACTTCTAGTTTGGCTCTTGGACGAGCGGGTCCTAC
                                        cttcgtctt  CT-rich tract
     tcaaaaaagttataat  TA-rich tract