1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...ttttcactgtatcatacttttccctcgcaaatggaggaggtttaaattcaggggacgaaccagccgtatttcatccgtttgatgtctcttgtttgtgcagTATCCGGATCATGTAAAGCATCTTGTGCTAGTGGGTCCAGCAGGTTTTAATGTTGATTCTGATAGAATTATGAAATTTAAATCAACATGGCCAGGGGTTC
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S90_40V6.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCTGGGTCACTCGCTGGGAGGATATGTTGCTTCACGATATGCTTTAAAG TATCCGGATCATGTAAEST: gi|100401324|gb|BY990945.1|BY990945
genomic: TGCTGGGTCACTCGCTGGGAGGATATGTTGCTTCACGATATGCTTTAAAGgtttgttcgt ... gtttgtgcagTATCCGGATCATGTAA
EST: GCTGGGTCACTCGCTGGGGAG-ATATGTTGCTTCACGATATGCTTTAAAG TATCCCGATCATGTAAAGCATCTTGTEST: gi|162254738|gb|FC431027.1|FC431027
genomic: GCTGGGTCACTCGCTGGG-AGGATATGTTGCTTCACGATATGCTTTAAAGgtttgttcgt ... gtttgtgcagTATCCGGATCATGTAAAGCATCTTGT
EST: TGCTGGGTCACTCGCTGGGAGGATATGTTGCTTCACGATATGCTTTAAAG TATCCGGATCATGTAAAGCATCTTGTGCTAGTGGGTCCAGCAGGTTTTAATEST: gi|67507448|gb|BJ940330.1|BJ940330
genomic: TGCTGGGTCACTCGCTGGGAGGATATGTTGCTTCACGATATGCTTTAAAGgtttgttcgt ... gtttgtgcagTATCCGGATCATGTAAAGCATCTTGTGCTAGTGGGTCCAGCAGGTTTTAAT
EST: TGTTGCTTC-CGATATGCTTTAAAG TATCCGGATCATGTAAAGCATCTTGTGCTAGTGGGTCCAGCAGGTTTTAAT
genomic: TGTTGCTTCACGATATGCTTTAAAGgtttgttcgt ... gtttgtgcagTATCCGGATCATGTAAAGCATCTTGTGCTAGTGGGTCCAGCAGGTTTTAAT
attcaggggacgaaccagccgtatttcatccgtttgatgtctcttgtttgtgcagTATCCGGATCATGTAAAGCATCTTGTGCTAGTGGGTCCAGCAGGTTTTAATGTTGATTCTGATAGAATTATGAAATTTAAATCAACATGGCCAGGGGTTC
gtttgat putative branch site (score: 13)
tctcttgttt CT-rich tract
tatttcat TA-rich tract