1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
gtcaggcctcgttcaaccacattcttgttattacttaaattttagcagtccttaggttcgctgacaagttgcctttgaaattcaatcatgtccttggctttgacctgttcatcagcttcgcgtttagtatcttgtagaatattttatgctgactgaagtttgttgcctcgtgatagTGTCCAGACACCAATTACTTATTTATGGGAGATTATGTGGATCGTGGTTATTATTCAGTTGAAACTGCTACA
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S81_198V6.3 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTCATGGCCAGTTTCATGATCTTGCTGAACTCTTCCGAATTGGAGGAATG TGTCCAGACACCAATTACTTATTTATGGGAGATTATGTGGATCGTGGTTATEST: gi|18374787|gb|BJ206365.1|BJ206365
genomic: TTCATGGCCAGTTTCATGATCTTGCTGAACTCTTCCGAATTGGAGGAATGgtcaggcctc ... ctcgtgatagTGTCCAGACACCAATTACTTATTTATGGGAGATTATGTGGATCGTGGTTAT
EST: TTCATGGCCAGTTTCATGATCTTGCTGAACTCTTCCGAATTGGAGGAATG TGTCCAGACACCAATTACTTATTTATGGGAGATTATGTGGATCGTGGTTATEST: gi|18372424|gb|BJ204026.1|BJ204026
genomic: TTCATGGCCAGTTTCATGATCTTGCTGAACTCTTCCGAATTGGAGGAATGgtcaggcctc ... ctcgtgatagTGTCCAGACACCAATTACTTATTTATGGGAGATTATGTGGATCGTGGTTAT
EST: TTCATGGCCAGTTTCATGATCTTGCTGAACTCTTCCGAATTGGAGGAATG TGTCCAGACACCAATTACTTATTTATGGGAGATTATGTGGATCGTGGTTATEST: gi|100367133|gb|BY984820.1|BY984820
genomic: TTCATGGCCAGTTTCATGATCTTGCTGAACTCTTCCGAATTGGAGGAATGgtcaggcctc ... ctcgtgatagTGTCCAGACACCAATTACTTATTTATGGGAGATTATGTGGATCGTGGTTAT
EST: TTCATGGCCAGTTTCATGATCTTGCTGAACTCTTCCGAATTGGAGGAATG TGTCCAGACACCAATTACTTATTTATGGGAGATTATGTGGATCGTGGTTATEST: gi|100403358|gb|BY991163.1|BY991163
genomic: TTCATGGCCAGTTTCATGATCTTGCTGAACTCTTCCGAATTGGAGGAATGgtcaggcctc ... ctcgtgatagTGTCCAGACACCAATTACTTATTTATGGGAGATTATGTGGATCGTGGTTAT
EST: TTCATGGCCAGTTTCATGATCTTGCTGAACTCTTCCGAATTGGAGGAATG TGTCCAGACACCAATTACTTATTTATGGGAGATTATGTGGATCGTGGTTATEST: gi|208364480|gb|DC930870.1|DC930870
genomic: TTCATGGCCAGTTTCATGATCTTGCTGAACTCTTCCGAATTGGAGGAATGgtcaggcctc ... ctcgtgatagTGTCCAGACACCAATTACTTATTTATGGGAGATTATGTGGATCGTGGTTAT
EST: TTCATGGCCAGTTTCATGATCTTGCTGAACTCTTCCGAATTGGAGGAATG TGTCCAGACACCAATTACTTATTTATGGGAGATTATGTGGATCGTGGTTATEST: gi|208359936|gb|DC938957.1|DC938957
genomic: TTCATGGCCAGTTTCATGATCTTGCTGAACTCTTCCGAATTGGAGGAATGgtcaggcctc ... ctcgtgatagTGTCCAGACACCAATTACTTATTTATGGGAGATTATGTGGATCGTGGTTAT
EST: TTCATGGCCAGTTTCATGATCTTGCTGAACTCTTCCGAATTGGAGGAATG TGTCCAGACACCAATTACTTATTTATGGGAGATTATGTGGATCGTAGTTATEST: gi|100371567|gb|BY968043.1|BY968043
genomic: TTCATGGCCAGTTTCATGATCTTGCTGAACTCTTCCGAATTGGAGGAATGgtcaggcctc ... ctcgtgatagTGTCCAGACACCAATTACTTATTTATGGGAGATTATGTGGATCGTGGTTAT
EST: TTCATGGCCAGTTTCATGATCTTGCTGAACTCTTCCGAATTGGAGGAATG TGTCCAGACACCAATTACTTATTTATGGGAGATTATGTGGATCGTGGTTATEST: gi|208363782|gb|DC943239.1|DC943239
genomic: TTCATGGCCAGTTTCATGATCTTGCTGAACTCTTCCGAATTGGAGGAATGgtcaggcctc ... ctcgtgatagTGTCCAGACACCAATTACTTATTTATGGGAGATTATGTGGATCGTGGTTAT
EST: TTCATGGCCAGTTTCATGATCTTGCTGAACTCTTCCGAATTGGAGGAATG TGTCCAGACACCAATTACTTATTTATGGGAGATTATGTGGATCGTGGTTATEST: gi|162157762|gb|FC335476.1|FC335476
genomic: TTCATGGCCAGTTTCATGATCTTGCTGAACTCTTCCGAATTGGAGGAATGgtcaggcctc ... ctcgtgatagTGTCCAGACACCAATTACTTATTTATGGGAGATTATGTGGATCGTGGTTAT
EST: TTCATGGCCAGTTTCATGATCTTGCTGAACTCTTCCGAATTGGAGGAATG TGTCCAGACACCAATTACTTATTTATGGGAGATTATGTGGATCGTGGTTATEST: gi|162155831|gb|FC331860.1|FC331860
genomic: TTCATGGCCAGTTTCATGATCTTGCTGAACTCTTCCGAATTGGAGGAATGgtcaggcctc ... ctcgtgatagTGTCCAGACACCAATTACTTATTTATGGGAGATTATGTGGATCGTGGTTAT
EST: TTCATGGCCAGTTTCATGATCTTGCTGAACTCTTCCGAATTGGAGGAATG TGTCCAGACACCAATTACTTATTTATGGGAGATTATGTGGATCGTGGTTATEST: gi|208358426|gb|DC930558.1|DC930558
genomic: TTCATGGCCAGTTTCATGATCTTGCTGAACTCTTCCGAATTGGAGGAATGgtcaggcctc ... ctcgtgatagTGTCCAGACACCAATTACTTATTTATGGGAGATTATGTGGATCGTGGTTAT
EST: TTCATGGCCAGTTTCATGATCTTGCTGAACTCTTCCGAATTGGAGGAATG TGTCCAGACACCAATTACTTATTTATGGGAGATTATGTGGATCGTGGTTATEST: gi|162169399|gb|FC345755.1|FC345755
genomic: TTCATGGCCAGTTTCATGATCTTGCTGAACTCTTCCGAATTGGAGGAATGgtcaggcctc ... ctcgtgatagTGTCCAGACACCAATTACTTATTTATGGGAGATTATGTGGATCGTGGTTAT
EST: TTCATGGCCAGTTTCATGATCTTGCTGAACTCTTCCGAATTGGAGGAATG TGTCCAGACACCAATTACTTATTTATGGGAGATTATGTGGATCGTGGTTAT
genomic: TTCATGGCCAGTTTCATGATCTTGCTGAACTCTTCCGAATTGGAGGAATGgtcaggcctc ... ctcgtgatagTGTCCAGACACCAATTACTTATTTATGGGAGATTATGTGGATCGTGGTTAT
gtttagtatcttgtagaatattttatgctgactgaagtttgttgcctcgtgatagTGTCCAGACACCAATTACTTATTTATGGGAGATTATGTGGATCGTGGTTATTATTCAGTTGAAACTGCTACA
tgctgac putative branch site (score: 2)
ttgcctc putative PPT
ttgtagaatattttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtcaggcctcgttcaaccacattcttgttattacttaaattttagcagtccttaggttcgctgacaagttgcctttgaaattcaatcatgtccttggctttgacctgttcatcagcttcgcgtttagtatcttgtagaatattttatgctgactgaagtttgttgcctcgtgatagTGTCCAGACACCAATTACTTATTTATGGGAGATTATGTGGATCGTGGTTATTATTCAGTTGAAACTGCTACA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT