Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tttttttttgtttttttttttgtttgttttttgttttttgtttttttttgactaggtgtcatcaccattaatcggagtttgaatgggtttatgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGTATTCTCTGGATTCCTATTCCACTGGTTTACACCGTCAGGAGTCGATTGT

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S78_51V6.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100416027|gb|BY957042.1|BY957042
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTG
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTG
EST: gi|162159385|gb|FC335173.1|FC335173
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
EST: gi|208360854|gb|DC934750.1|DC934750
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
EST: gi|208357565|gb|DC934073.1|DC934073
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
EST: gi|100447063|gb|CJ971362.1|CJ971362
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
EST: gi|162226437|gb|FC402417.1|FC402417
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
EST: gi|162279685|gb|FC455398.1|FC455398
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
EST: gi|208364858|gb|DC957895.1|DC957895
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
EST: gi|100366190|gb|BY967324.1|BY967324
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
EST: gi|208374347|gb|DC941160.1|DC941160
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
EST: gi|208364652|gb|DC939419.1|DC939419
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCAT-GGTTGCTATT-GGCAAGCTTTGT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
EST: gi|208350208|gb|DC901592.1|DC901592
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
EST: gi|162173089|gb|FC349195.1|FC349195
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
EST: gi|162190510|gb|FC365732.1|FC365732
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
EST: gi|162272333|gb|FC449011.1|FC449011
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
EST: gi|100438163|gb|BY961685.1|BY961685
EST:     TTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGC
genomic: TTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGG-TTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGC
EST: gi|162259610|gb|FC436473.1|FC436473
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
EST: gi|162223284|gb|FC400552.1|FC400552
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
EST: gi|100420684|gb|BY993463.1|BY993463
EST:     TTTACTCACAACTGGGATGCTGCCTGGGTTGC-AAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCC
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCC
EST: gi|162276898|gb|FC452580.1|FC452580
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
EST: gi|100434128|gb|BY978972.1|BY978972
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGGCAT-GCTAGCTGTATCCATT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAG-CATTGCTAGCTGTATCCATT
EST: gi|208389023|gb|DC937356.1|DC937356
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 24 (upstream exon), 33 (downstream exon)
Score: 8

GCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCATTCTCCTTGACTTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGTATTCTCTGGATTCCTATTCCACTGGTTTACACCGTCAGGAGTCGATTGT




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttgactaggtgtcatcaccattaatcggagtttgaatgggtttatgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGTATTCTCTGGATTCCTATTCCACTGGTTTACACCGTCAGGAGTCGATTGT
                    cattaat  putative branch site (score: 8)
                     attaat  TA-rich tract