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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgctggtcaataggatccacgttgcatttattgcataaatattttaggttacctaagtaaatttgttttcactggtggtaaaggtcatgttgcttctgtttcatcttttggcggcgttgccatttcctagcatcatgttattggagatttactcttatccgcaattgtcttcttgtatcagGTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGAGTTGTAATTGACCGTATGCTGACAATGGTAGACAGTCTATTATCGAGTA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S78_28V6.5
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208365484|gb|DC954725.1|DC954725
EST:     TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAG                         GTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
genomic: TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAGgtatgctggt ... cttgtatcagGTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
EST: gi|22132000|gb|BQ826927.1|BQ826927
EST:     TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAG                         GTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
genomic: TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAGgtatgctggt ... cttgtatcagGTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
EST: gi|37850124|gb|BJ608132.1|BJ608132
EST:     TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAG                         GTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
genomic: TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAGgtatgctggt ... cttgtatcagGTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
EST: gi|67696662|gb|BJ956895.1|BJ956895
EST:     TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAG                         GTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
genomic: TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAGgtatgctggt ... cttgtatcagGTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
EST: gi|37823861|gb|BJ581927.1|BJ581927
EST:     TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAG                         GTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
genomic: TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAGgtatgctggt ... cttgtatcagGTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
EST: gi|22492275|gb|BU052198.1|BU052198
EST:     TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAG                         GTGGGTGCGGCAGGC
genomic: TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAGgtatgctggt ... cttgtatcagGTGGGTGCGGCAGGC
EST: gi|37846605|gb|BJ604613.1|BJ604613
EST:     TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAG                         GTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
genomic: TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAGgtatgctggt ... cttgtatcagGTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
EST: gi|162193740|gb|FC371267.1|FC371267
EST:     TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAG                         GTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
genomic: TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAGgtatgctggt ... cttgtatcagGTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
EST: gi|162223988|gb|FC400346.1|FC400346
EST:     TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAG                         GTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
genomic: TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAGgtatgctggt ... cttgtatcagGTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
EST: gi|7583621|gb|AW699529.1|AW699529
EST:     TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAG                         GTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
genomic: TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAGgtatgctggt ... cttgtatcagGTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
EST: gi|37836037|gb|BJ594045.1|BJ594045
EST:     TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAG                         GTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
genomic: TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAGgtatgctggt ... cttgtatcagGTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
EST: gi|37824564|gb|BJ582630.1|BJ582630
EST:     TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAG                         GTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
genomic: TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAGgtatgctggt ... cttgtatcagGTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
EST: gi|162223987|gb|FC400345.1|FC400345
EST:     TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAG                         GTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
genomic: TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAGgtatgctggt ... cttgtatcagGTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
EST: gi|37826909|gb|BJ584921.1|BJ584921
EST:     TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAG                         GTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
genomic: TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAGgtatgctggt ... cttgtatcagGTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
EST: gi|37828120|gb|BJ586132.1|BJ586132
EST:     TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAG                         GTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
genomic: TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAGgtatgctggt ... cttgtatcagGTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctagcatcatgttattggagatttactcttatccgcaattgtcttcttgtatcagGTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGAGTTGTAATTGACCGTATGCTGACAATGGTAGACAGTCTATTATCGAGTA
                                      ttgtcttctt  CT-rich tract
        atgttatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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gtatgctggtcaataggatccacgttgcatttattgcataaatattttaggttacctaagtaaatttgttttcactggtggtaaaggtcatgttgcttctgtttcatcttttggcggcgttgccatttcctagcatcatgttattggagatttactcttatccgcaattgtcttcttgtatcagGTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGAGTTGTAATTGACCGTATGCTGACAATGGTAGACAGTCTATTATCGAGTA

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