Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagcgtcactactgtgtatggttgcttatttgcgatagtttttccagtaatctggatttactgggtattgtctaaaatgataatgtcctatggtttgcagGGATTAGAATACAGAGGTTGGTCAAGGGTCAAGTGCACATGGATATGGATTTCAAGTGGGCTGGCACTGGTGATATCGTACTCAACATTGGTTTCATGGG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S62_94V6.5
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162251728|gb|FC427460.1|FC427460
EST:     GCTCACATTGGATAAGTTTCAACTTGGGAAAACACCTCCCCAAATAGATG                         GGATTAGAATACAGAGGTTGGTCAAGGGTCAAGTGCACATGGATATGGATT
genomic: GCTCACATTGGATAAGTTTCAACTTGGGAAAACACCTCCCCAAATAGATGgtagcgtcac ... tggtttgcagGGATTAGAATACAGAGGTTGGTCAAGGGTCAAGTGCACATGGATATGGATT
EST: gi|162251336|gb|FC427978.1|FC427978
EST:     GCTCACATTGGATAAGTTTCAACTTGGGAAAACACCTCCCCAAATAGATG                         GGATTAGAATACAGAGGTTGGTCAAGGGTCAAGTGCACATGGATATGGATT
genomic: GCTCACATTGGATAAGTTTCAACTTGGGAAAACACCTCCCCAAATAGATGgtagcgtcac ... tggtttgcagGGATTAGAATACAGAGGTTGGTCAAGGGTCAAGTGCACATGGATATGGATT
EST: gi|162150866|gb|FC327346.1|FC327346
EST:     GCTCACATTGGATAAGTTTCAACTTGGGAAAACACCTCCCCAAATAGATG                         GGATTAGAATACAGAGGTTGGTCAAGGGTCAAGTGCACATGGATATGGATT
genomic: GCTCACATTGGATAAGTTTCAACTTGGGAAAACACCTCCCCAAATAGATGgtagcgtcac ... tggtttgcagGGATTAGAATACAGAGGTTGGTCAAGGGTCAAGTGCACATGGATATGGATT
EST: gi|100367410|gb|BY984691.1|BY984691
EST:     GCTCACATTGGATAAGTTTCAACTTGGGAAAACACCTCCCCAAATAGATG                         GGATTAGAATACAGAGGTTGGTCAAGGGTCAAGTGCACATGGATATGGATT
genomic: GCTCACATTGGATAAGTTTCAACTTGGGAAAACACCTCCCCAAATAGATGgtagcgtcac ... tggtttgcagGGATTAGAATACAGAGGTTGGTCAAGGGTCAAGTGCACATGGATATGGATT
EST: gi|162179908|gb|FC355979.1|FC355979
EST:     GCTCACATTGGATAAGTTTCAACTTGGGAAAACACCTCCCCAAATAGATG                         GGATTAGAATACAGAGGTTGGTCAAGGGTCAAGTGCACATGGATATGGATT
genomic: GCTCACATTGGATAAGTTTCAACTTGGGAAAACACCTCCCCAAATAGATGgtagcgtcac ... tggtttgcagGGATTAGAATACAGAGGTTGGTCAAGGGTCAAGTGCACATGGATATGGATT
EST: gi|162268968|gb|FC445460.1|FC445460
EST:     GCTCACATTGGATAAGTTTCAACTTGGGAAAACACCTCCCCAAATAGATG                         GGATTAGAATACAGAGGTTGGTCAAGGGTCAAGTGCACATGGATATGGATT
genomic: GCTCACATTGGATAAGTTTCAACTTGGGAAAACACCTCCCCAAATAGATGgtagcgtcac ... tggtttgcagGGATTAGAATACAGAGGTTGGTCAAGGGTCAAGTGCACATGGATATGGATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agtaatctggatttactgggtattgtctaaaatgataatgtcctatggtttgcagGGATTAGAATACAGAGGTTGGTCAAGGGTCAAGTGCACATGGATATGGATTTCAAGTGGGCTGGCACTGGTGATATCGTACTCAACATTGGTTTCATGGG
                        gtctaaa  putative branch site (score: 3)
                         tctaaaatgataat  TA-rich tract