1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtcttgtggtcttgtcccatttttcagcaattgtacacttgtgatatccgtttctcaacacatacaccgcagcattttataaaattcatctcaacaatggatgagaaccatggtacctgctcaacttacaaggtcctcaagtagggaattgaaggatatcctgttggttgtgattgcagGCGGTCAACTCGGCCGGAGCACCGTAATGGAAAGCTTCAGCTCAGGTCTGCCAACAAGCTTCAACCAAGGAATCATCAACGCTGGTGGAAGCATAACCAA
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S51_178V6.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CACTGGTCAGGGCTCGAGCAACGTTGGCCTCCTCTCAAGTCTTTCTCCAG GCGGTCAACTCGGCCGGAGCACCGTAATGGAAAGCTTCAGCTCAGGTCTGCEST: gi|162168442|gb|FC344418.1|FC344418
genomic: CACTGGTCAGGGCTCGAGCAACGTTGGCCTCCTCTCAAGTCTTTCTCCAGgtcttgtggt ... gtgattgcagGCGGTCAACTCGGCCGGAGCACCGTAATGGAAAGCTTCAGCTCAGGTCTGC
EST: CTCGAGCAACGTTGGCCTCCTCTCAAGTCTTTCTCCAG GCGGTCAACTCGGCCGGAGCACCGTAATGGAAAGCTTCAGCTCAGGTCTGC
genomic: CTCGAGCAACGTTGGCCTCCTCTCAAGTCTTTCTCCAGgtcttgtggt ... gtgattgcagGCGGTCAACTCGGCCGGAGCACCGTAATGGAAAGCTTCAGCTCAGGTCTGC
cttacaaggtcctcaagtagggaattgaaggatatcctgttggttgtgattgcagGCGGTCAACTCGGCCGGAGCACCGTAATGGAAAGCTTCAGCTCAGGTCTGCCAACAAGCTTCAACCAAGGAATCATCAACGCTGGTGGAAGCATAACCAA
aacttac putative branch site (score: 3)
aattgaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtcttgtggtcttgtcccatttttcagcaattgtacacttgtgatatccgtttctcaacacatacaccgcagcattttataaaattcatctcaacaatggatgagaaccatggtacctgctcaacttacaaggtcctcaagtagggaattgaaggatatcctgttggttgtgattgcagGCGGTCAACTCGGCCGGAGCACCGTAATGGAAAGCTTCAGCTCAGGTCTGCCAACAAGCTTCAACCAAGGAATCATCAACGCTGGTGGAAGCATAACCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG