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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttggtgattcatttatttatcagagattcttcgttctgaagttgagaccattgatcggaggagctatttcctaaatcttgtttaatttgacacagcactatgagttcgtggaactgggtattgagccagaatgggcatcagcgtgttattgattaggtgtttattgttgcagATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGGCAGAACACTCTTCTTTCCACCCCTGCCGTGTCTGCAATCATCCGAGAGC

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S4_12V6.2
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100414742|gb|BY956841.1|BY956841
EST:     ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAG                         ATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
genomic: ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAGgttggtgatt ... attgttgcagATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
EST: gi|162178865|gb|FC354797.1|FC354797
EST:     ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAG                         ATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
genomic: ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAGgttggtgatt ... attgttgcagATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
EST: gi|67718841|gb|BJ969100.1|BJ969100
EST:     ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAG                         ATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
genomic: ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAGgttggtgatt ... attgttgcagATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
EST: gi|162159187|gb|FC334358.1|FC334358
EST:     ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAG                         ATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
genomic: ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAGgttggtgatt ... attgttgcagATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
EST: gi|67571702|gb|BJ944526.1|BJ944526
EST:     ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAG                         ATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
genomic: ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAGgttggtgatt ... attgttgcagATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
EST: gi|100375450|gb|BY948872.1|BY948872
EST:     ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAG                         ATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
genomic: ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAGgttggtgatt ... attgttgcagATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
EST: gi|18371464|gb|BJ203066.1|BJ203066
EST:     ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAG                         ATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
genomic: ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAGgttggtgatt ... attgttgcagATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
EST: gi|67568839|gb|BJ941663.1|BJ941663
EST:     ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAG                         ATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
genomic: ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAGgttggtgatt ... attgttgcagATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
EST: gi|18354475|gb|BJ186531.1|BJ186531
EST:     ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAG                         ATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
genomic: ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAGgttggtgatt ... attgttgcagATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
EST: gi|18348776|gb|BJ180825.1|BJ180825
EST:     ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAG                         ATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
genomic: ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAGgttggtgatt ... attgttgcagATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
EST: gi|208351568|gb|DC909998.1|DC909998
EST:     ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAG                         ATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
genomic: ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAGgttggtgatt ... attgttgcagATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
EST: gi|162257953|gb|FC433839.1|FC433839
EST:     ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAG                         ATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
genomic: ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAGgttggtgatt ... attgttgcagATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
EST: gi|162185024|gb|FC362470.1|FC362470
EST:     ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAG                         ATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
genomic: ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAGgttggtgatt ... attgttgcagATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
EST: gi|67717090|gb|BJ967349.1|BJ967349
EST:     ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAG                         ATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
genomic: ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAGgttggtgatt ... attgttgcagATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
EST: gi|100437911|gb|BY961558.1|BY961558
EST:     ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAG                         ATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
genomic: ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAGgttggtgatt ... attgttgcagATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
EST: gi|18363906|gb|BJ195978.1|BJ195978
EST:     ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAG                         ATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
genomic: ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAGgttggtgatt ... attgttgcagATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
EST: gi|18368891|gb|BJ200976.1|BJ200976
EST:     ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAG                         ATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
genomic: ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAGgttggtgatt ... attgttgcagATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
EST: gi|67570443|gb|BJ943267.1|BJ943267
EST:     ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAG                         ATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
genomic: ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAGgttggtgatt ... attgttgcagATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
EST: gi|18347743|gb|BJ179790.1|BJ179790
EST:     ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAG                         ATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
genomic: ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAGgttggtgatt ... attgttgcagATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
EST: gi|162276463|gb|FC452466.1|FC452466
EST:     ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAG                         ATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG
genomic: ACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAGgttggtgatt ... attgttgcagATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtattgagccagaatgggcatcagcgtgttattgattaggtgtttattgttgcagATCATCATCAAAATTGCCGCAGCTAATGGCGTAAAGAGGGTCTGGGTGGGGCAGAACACTCTTCTTTCCACCCCTGCCGTGTCTGCAATCATCCGAGAGC
                             tattgat  putative branch site (score: 3)
                            ttattgatta  TA-rich tract