Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgtagtctttaccttacttttcacatgttctgtttttttaaaatgcccagaatcgcccttggtaggctcgagtgtgtcgatcttgtcatgattgtgttgtttctcaagctgtacagatcatttggatttatcttattttgtgtctgagccttaagtttgttgtgcagTTATGCTCAACGGTGCTGGGAGCGTATGGACCAGTGGTATTGGCTGGTCCAGCATATGCTTTGGGTGTCCCTGCTCTTTTAATGCTTACTTTTTTCCAGA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S49_13V6.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37827642|gb|BJ585654.1|BJ585654
EST:     GCAAAGGGCTCGTTTTAGGCTGCTTGGGAGTTGCATATAATCACTGGCGG                         TTATGCTCAACGGTGCTGGGAGCGTATGGACCAGTGGTATTGGCTGGTCCA
genomic: GCAAAGGGCTCGTTTTAGGCTGCTTGGGAGTTGCATATAATCACTGGCGGgtttgtagtc ... tgttgtgcagTTATGCTCAACGGTGCTGGGAGCGTATGGACCAGTGGTATTGGCTGGTCCA
EST: gi|37824512|gb|BJ582578.1|BJ582578
EST:     GCAAAGGGCTCGTTTTAGGCTGCTTGGGAGTTGCATATAATCACTGGCGG                         TTATGCTCAACGGTGCTGGGAGCGTATGGACCAGTGGTATTGGCTGGTCCA
genomic: GCAAAGGGCTCGTTTTAGGCTGCTTGGGAGTTGCATATAATCACTGGCGGgtttgtagtc ... tgttgtgcagTTATGCTCAACGGTGCTGGGAGCGTATGGACCAGTGGTATTGGCTGGTCCA
EST: gi|37822480|gb|BJ580546.1|BJ580546
EST:     GCAAAGGGCTCGTTTTAGGCTGCTTGGGAGTTGCATATAATCACTGGCGG                         TTATGCTCAACGGTGCTGGGAGCGTATGGACCAGTGGTATTGGCTGGTCCA
genomic: GCAAAGGGCTCGTTTTAGGCTGCTTGGGAGTTGCATATAATCACTGGCGGgtttgtagtc ... tgttgtgcagTTATGCTCAACGGTGCTGGGAGCGTATGGACCAGTGGTATTGGCTGGTCCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acagatcatttggatttatcttattttgtgtctgagccttaagtttgttgtgcagTTATGCTCAACGGTGCTGGGAGCGTATGGACCAGTGGTATTGGCTGGTCCAGCATATGCTTTGGGTGTCCCTGCTCTTTTAATGCTTACTTTTTTCCAGA
             atttatcttattttgt  TA-rich tract