Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagatataccttcaccgcagtctcgcacttcctcgttcttttagcctgacaataagctgggaaacgtcgacagtcatacaccactgagtaagatcattgaaccagtggtagcatgtggacttgtggattgaccttgcagGGGGTGGTAGTCTCAGCTATCGTTCAAGTGCTGCAAGCATGGTGTATCCAGCAAACGGGTGCATTTTTCGTCTCCATCTTCTTGCCAGTGCAAACGCTGG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S46_43V6.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208396765|gb|DC929060.1|DC929060
EST:     TCGATTTCCGATCGGTTACGCTTAATCATCTCATGGTCATCACATATGCG                         GGGGTGGTAGTCTCAGCTATCGTTCAAGTGCTGCAAGCATGGTGTATCCAG
genomic: TCGATTTCCGATCGGTTACGCTTAATCATCTCATGGTCATCACATATGCGgtaagatata ... gaccttgcagGGGGTGGTAGTCTCAGCTATCGTTCAAGTGCTGCAAGCATGGTGTATCCAG
EST: gi|162185616|gb|FC362029.1|FC362029
EST:     TCGATTTCCGATCGGTTACGCTTAATCATCTCATGGTCATCACATATGCG                         GGGGTGGTAGTCTCAGCTATCGTTCAAGTGCTGCAAGCATGGTGTATCCAG
genomic: TCGATTTCCGATCGGTTACGCTTAATCATCTCATGGTCATCACATATGCGgtaagatata ... gaccttgcagGGGGTGGTAGTCTCAGCTATCGTTCAAGTGCTGCAAGCATGGTGTATCCAG
EST: gi|37837339|gb|BJ595347.1|BJ595347
EST:     TCGATTTCCGATCGGTTACGCTTAATCATCTCATGGTCATCACATATGCG                         GGGGTGGTAGTCTCAGCTATCGTTCAAGTGCTGCAAGCATGGTGTATCCAG
genomic: TCGATTTCCGATCGGTTACGCTTAATCATCTCATGGTCATCACATATGCGgtaagatata ... gaccttgcagGGGGTGGTAGTCTCAGCTATCGTTCAAGTGCTGCAAGCATGGTGTATCCAG
EST: gi|208380165|gb|DC927444.1|DC927444
EST:     TCGATTTCCGATCGGTTACGCTTAATCATCTCATGGTCATCACATATGCG                         GGGGTGGTAGTNTCAGCTATCGTTCAAGTGCTGCAAGCATGGTGTATCCAG
genomic: TCGATTTCCGATCGGTTACGCTTAATCATCTCATGGTCATCACATATGCGgtaagatata ... gaccttgcagGGGGTGGTAGTCTCAGCTATCGTTCAAGTGCTGCAAGCATGGTGTATCCAG
EST: gi|208362740|gb|DC950540.1|DC950540
EST:     TCGATTTCCGATCGGTTACGCTTAATCATCTCATGGTCATCACATATGCG                         GGGGTGGTAGTCTCAGCTATCGTTCAAGTGCTGCAAGCATGGTGTATCCAG
genomic: TCGATTTCCGATCGGTTACGCTTAATCATCTCATGGTCATCACATATGCGgtaagatata ... gaccttgcagGGGGTGGTAGTCTCAGCTATCGTTCAAGTGCTGCAAGCATGGTGTATCCAG
EST: gi|18338090|gb|BJ170114.1|BJ170114
EST:     TCGATTTCCGATCGGTTACGCTTAATCATCTCATGGTCATCACATATGCG                         GGGGTGGTAGTCTCAGCTATCGTTCAAGTGCTGCAAGCATGGTGTATCCAG
genomic: TCGATTTCCGATCGGTTACGCTTAATCATCTCATGGTCATCACATATGCGgtaagatata ... gaccttgcagGGGGTGGTAGTCTCAGCTATCGTTCAAGTGCTGCAAGCATGGTGTATCCAG
EST: gi|37821201|gb|BJ579267.1|BJ579267
EST:     TCGATTTCCGATCGGTTACGCTTAATCATCTCATGGTCATCACATATGCG                         GGGGTGGTAGTCTCAGCTATCGTTCAAGTGCTGCAAGCATGGTGTATCCAG
genomic: TCGATTTCCGATCGGTTACGCTTAATCATCTCATGGTCATCACATATGCGgtaagatata ... gaccttgcagGGGGTGGTAGTCTCAGCTATCGTTCAAGTGCTGCAAGCATGGTGTATCCAG
EST: gi|37833806|gb|BJ591818.1|BJ591818
EST:     TCGATTTCCGATCGGTTACGCTTAATCATCTCATGGTCATCACATATGCG                         GGGGTGGTAGTCTCAGCTATCGTTCAAGTGCTGCAAGCATGGTGTATCCAG
genomic: TCGATTTCCGATCGGTTACGCTTAATCATCTCATGGTCATCACATATGCGgtaagatata ... gaccttgcagGGGGTGGTAGTCTCAGCTATCGTTCAAGTGCTGCAAGCATGGTGTATCCAG
EST: gi|37823393|gb|BJ581459.1|BJ581459
EST:     TTCCGATCGGTTACGCTTAATCATCTCATGGTCATCACATATGCG                         GGGGTGGTAGTCTCAGCTATCGTTCAAGTGCTGCAAGCATGGTGTATCCAG
genomic: TTCCGATCGGTTACGCTTAATCATCTCATGGTCATCACATATGCGgtaagatata ... gaccttgcagGGGGTGGTAGTCTCAGCTATCGTTCAAGTGCTGCAAGCATGGTGTATCCAG
EST: gi|37835190|gb|BJ593202.1|BJ593202
EST:     TCGATTTCCGATCGGTTACGCTTAATCATCTCATGGTCATCACATATGCG                         GGGGTGGTAGTCTCAGCTATCGTTCCAAGTGCTGCAAGCATGGTGTATCCA
genomic: TCGATTTCCGATCGGTTACGCTTAATCATCTCATGGTCATCACATATGCGgtaagatata ... gaccttgcagGGGGTGGTAGTCTCAGCTATCGTT-CAAGTGCTGCAAGCATGGTGTATCCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgagtaagatcattgaaccagtggtagcatgtggacttgtggattgaccttgcagGGGGTGGTAGTCTCAGCTATCGTTCAAGTGCTGCAAGCATGGTGTATCCAGCAAACGGGTGCATTTTTCGTCTCCATCTTCTTGCCAGTGCAAACGCTGG
                                         gattgac  putative branch site (score: 3)