Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cactccgttgcagtcgtctaattataccaattttaaaatttggagaaattcagcctttgtacctactttgcctgtggacttaccctaaatttgattgcagGGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACACGTTTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S39_347V6.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S39_347V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv01s0010g02900.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
cactccgttgcagtcgtctaattataccaattttaaaatttggagaaattcagcctttgtacctactttg--cctgtggacttacccta---aatttgat-----tgcagGGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACACGTTTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATA
                        ||   |  ||  ||| |   |||||   |   || | ||||  ||       ||  ||||  ||    | ||||       || ||||||| ||  | || ||||||||||||||||| |||||| |||| || ||||| ||||| ||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||| ||||
-----------------------gtaatgagatttgaatattatgaaat---gatcttttgcctatcttaatttcatgatcttaatctgtctactttgtggggtatgtagGGTCCTGGACTGTATTATGTGGACAGTGAAGGGGGCAGGCTGAAAGGAACACGATTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208375166|gb|DC945316.1|DC945316
EST:     GAGGAATGGGTCTATCTATGGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACG                         GGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA
genomic: GAGGAATGGGTCTATCTATGGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACGgtattttttt ... ttgattgcagGGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA
EST: gi|7067446|gb|AW497301.1|AW497301
EST:     GAGGAATGGGTCTATCTATGGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACG                         GGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA
genomic: GAGGAATGGGTCTATCTATGGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACGgtattttttt ... ttgattgcagGGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA
EST: gi|7286872|gb|AW599359.1|AW599359
EST:     GAGGAATGGGTCTATCTATGGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACG                         GGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA
genomic: GAGGAATGGGTCTATCTATGGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACGgtattttttt ... ttgattgcagGGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA
EST: gi|19785617|gb|BQ040349.1|BQ040349
EST:     GAGGAATGGGTCTATCTATGGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACG                         GGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA
genomic: GAGGAATGGGTCTATCTATGGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACGgtattttttt ... ttgattgcagGGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA
EST: gi|67697970|gb|BJ958203.1|BJ958203
EST:     GAGGAATGGGTCTATCTATGGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACG                         GGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA
genomic: GAGGAATGGGTCTATCTATGGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACGgtattttttt ... ttgattgcagGGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA
EST: gi|67727381|gb|BJ977640.1|BJ977640
EST:     GAGGAATGGGTCTATCTATGGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACG                         GGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA
genomic: GAGGAATGGGTCTATCTATGGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACGgtattttttt ... ttgattgcagGGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA
EST: gi|208365548|gb|DC954789.1|DC954789
EST:     GAGGAATGGGTCTATCTATGGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACG                         GGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA
genomic: GAGGAATGGGTCTATCTATGGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACGgtattttttt ... ttgattgcagGGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA
EST: gi|67693026|gb|BJ953259.1|BJ953259
EST:     GAGGAATGGGTCTATCTATGGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACG                         GGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA
genomic: GAGGAATGGGTCTATCTATGGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACGgtattttttt ... ttgattgcagGGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA
EST: gi|162182672|gb|FC360342.1|FC360342
EST:     GGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACG                         GGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA
genomic: GGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACGgtattttttt ... ttgattgcagGGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA
EST: gi|7583925|gb|AW699826.1|AW699826
EST:     GAGGAATGGGTCTATCTATGGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACG                         GGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA
genomic: GAGGAATGGGTCTATCTATGGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACGgtattttttt ... ttgattgcagGGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA
EST: gi|7148045|gb|AW509967.1|AW509967
EST:     GAGGAATGGGTCTATCTATGGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACG                         GGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA
genomic: GAGGAATGGGTCTATCTATGGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACGgtattttttt ... ttgattgcagGGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA
EST: gi|208395764|gb|DC924230.1|DC924230
EST:     GAGGAATGGGTCTATCTATGGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACG                         GGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA
genomic: GAGGAATGGGTCTATCTATGGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACGgtattttttt ... ttgattgcagGGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA
EST: gi|67726029|gb|BJ976288.1|BJ976288
EST:     GAGGAATGGGTCTATCTATGGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACG                         GGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA
genomic: GAGGAATGGGTCTATCTATGGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACGgtattttttt ... ttgattgcagGGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA
EST: gi|208368061|gb|DC947621.1|DC947621
EST:     GAGGAATGGGTCTATCTATGGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACG                         GGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA
genomic: GAGGAATGGGTCTATCTATGGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACGgtattttttt ... ttgattgcagGGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA
EST: gi|18336151|gb|BJ168173.1|BJ168173
EST:     GAGGAATGGGTCTATCTATGGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACG                         GGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA
genomic: GAGGAATGGGTCTATCTATGGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACGgtattttttt ... ttgattgcagGGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA
EST: gi|208350967|gb|DC925972.1|DC925972
EST:     GAGGAATGGGTCTATCTATGGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACG                         GGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA
genomic: GAGGAATGGGTCTATCTATGGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACGgtattttttt ... ttgattgcagGGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA
EST: gi|22492653|gb|BU052576.1|BU052576
EST:     GAGGAATGGGTCTATCTATGGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACG                         GGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA
genomic: GAGGAATGGGTCTATCTATGGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACGgtattttttt ... ttgattgcagGGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA
EST: gi|208359388|gb|DC954241.1|DC954241
EST:     GAGGAATGGGTCTATCTATGGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACG                         GGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA
genomic: GAGGAATGGGTCTATCTATGGGCACTATGATTGCTGGCTGGGACGAAACGgtattttttt ... ttgattgcagGGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaattcagcctttgtacctactttgcctgtggacttaccctaaatttgattgcagGGTCCAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACACGTTTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATA
                                        taaatttgatt  TA-rich tract