1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...ccgaccttctagttcaattgatggtcgtcccggttgatggtggaattagtctgttctgtaggagacatttgcaagattgataatgtaactgggatgacagGTTTATGTATGGAGTAAGCGCAATCCTCACGTGCAAATGAGCTTTCTTGGTCTTTTCAGTTTCACTGCTCCCTACTTGCCTTGG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S226_55V6.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTCCATTTGCGGATATACTTTTCTTGAGCAACTCCCTCACTTTCATGATG GTTTATGTATGGAGTAAGCGCAATCCTCACGTGCAAATGAGCTTTCTTGGTEST: gi|162257420|gb|FC433502.1|FC433502
genomic: CTCCATTTGCGGATATACTTTTCTTGAGCAACTCCCTCACTTTCATGATGgtatgcgctt ... gggatgacagGTTTATGTATGGAGTAAGCGCAATCCTCACGTGCAAATGAGCTTTCTTGGT
EST: GAGCAACTCCCTCACTTTCATGATG GTTTATGTATGGAGTAAGCGCAATCCTCACGTGCAAATGAGCTTTCTTGGTEST: gi|208388295|gb|DC949295.1|DC949295
genomic: GAGCAACTCCCTCACTTTCATGATGgtatgcgctt ... gggatgacagGTTTATGTATGGAGTAAGCGCAATCCTCACGTGCAAATGAGCTTTCTTGGT
EST: CTCCATTTGCGGATATACTTTTCTTGAGCAACTCCCTCACTTTCATGATG GTTTATGTATGGAGTAAGCGCAATCCTCACGTGCAAATGAGCTTTCTTGGTEST: gi|37851348|gb|BJ609356.1|BJ609356
genomic: CTCCATTTGCGGATATACTTTTCTTGAGCAACTCCCTCACTTTCATGATGgtatgcgctt ... gggatgacagGTTTATGTATGGAGTAAGCGCAATCCTCACGTGCAAATGAGCTTTCTTGGT
EST: CTCCATTTGCGGATATACTTTTCTTGAGCAACTCCCTCACTTTCATGATG GTTTATGTATGGAGTAAGCGCAATCCTCACGTGCAAATGAGCTTTCTTGGTEST: gi|37826866|gb|BJ584878.1|BJ584878
genomic: CTCCATTTGCGGATATACTTTTCTTGAGCAACTCCCTCACTTTCATGATGgtatgcgctt ... gggatgacagGTTTATGTATGGAGTAAGCGCAATCCTCACGTGCAAATGAGCTTTCTTGGT
EST: CTCCATTTGCGGATATACTTTTCTTGAGCAACTCCCTCACTTTCATGATG GTTTATGTATGGAGTAAGCGCAATCCTCACGTGCAAATGAGCTTTCTTGGT
genomic: CTCCATTTGCGGATATACTTTTCTTGAGCAACTCCCTCACTTTCATGATGgtatgcgctt ... gggatgacagGTTTATGTATGGAGTAAGCGCAATCCTCACGTGCAAATGAGCTTTCTTGGT
ttagtctgttctgtaggagacatttgcaagattgataatgtaactgggatgacagGTTTATGTATGGAGTAAGCGCAATCCTCACGTGCAAATGAGCTTTCTTGGTCTTTTCAGTTTCACTGCTCCCTACTTGCCTTGG
atgtaac putative branch site (score: 3)
attgataat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ccgaccttctagttcaattgatggtcgtcccggttgatggtggaattagtctgttctgtaggagacatttgcaagattgataatgtaactgggatgacagGTTTATGTATGGAGTAAGCGCAATCCTCACGTGCAAATGAGCTTTCTTGGTCTTTTCAGTTTCACTGCTCCCTACTTGCCTTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT