1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...ggaactagtggagtccttacgtgaccataagttcaaaacctgggcgtggcagagaaacatgcgatcgggagattgacattttgccttcaaacttgtgcagCTTATTAATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGACCCAGAATGGAAGATTGTGCTGTTACGGTACTTCAATCCTGTAGGATCCCATCCGAGTG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S221_46V6.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCACAGAGGACTATCCACTTCATGTCACGAATCCCTATGGTCGCACTAAG CTTATTAATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGACCCAGAATGGEST: gi|208389985|gb|DC938040.1|DC938040
genomic: GCACAGAGGACTATCCACTTCATGTCACGAATCCCTATGGTCGCACTAAGgtaagcataa ... acttgtgcagCTTATTAATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGACCCAGAATGG
EST: GCACAGAGGACTATCCACTTCATGTCACGAATCCCTATGGTCGCACTAAG CTTATTAATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGEST: gi|208369068|gb|DC931639.1|DC931639
genomic: GCACAGAGGACTATCCACTTCATGTCACGAATCCCTATGGTCGCACTAAGgtaagcataa ... acttgtgcagCTTATTAATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCG
EST: GCACAGAGGACTATCCACTTCATGTCACGAATCCCTATGGTCGCACTAAG CTTATTAATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGACCCANAATGGEST: gi|208362659|gb|DC931052.1|DC931052
genomic: GCACAGAGGACTATCCACTTCATGTCACGAATCCCTATGGTCGCACTAAGgtaagcataa ... acttgtgcagCTTATTAATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGACCCAGAATGG
EST: GCACANAGGACTATCCACTTCATGTCACGAATCCCTATGGTCGCACTAAN CTNATNAATGAANACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGACCEST: gi|208361781|gb|DC935021.1|DC935021
genomic: GCACAGAGGACTATCCACTTCATGTCACGAATCCCTATGGTCGCACTAAGgtaagcataa ... acttgtgcagCTTATTAATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGACC
EST: GCACAGAGGACTATCCACTTCATGTCACGAATCCCTATGGTCGCACTAAG CTTATTAATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGACCCAEST: gi|208389039|gb|DC937372.1|DC937372
genomic: GCACAGAGGACTATCCACTTCATGTCACGAATCCCTATGGTCGCACTAAGgtaagcataa ... acttgtgcagCTTATTAATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGACCCA
EST: GCACANAGGACTATCCACTTCATGTCACGAATCCCTATGGTCNCACTAAN CTTATTAATGAANACATTATGCGTGATGTTCATCATGCNGACC
genomic: GCACAGAGGACTATCCACTTCATGTCACGAATCCCTATGGTCGCACTAAGgtaagcataa ... acttgtgcagCTTATTAATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGACC
gtggcagagaaacatgcgatcgggagattgacattttgccttcaaacttgtgcagCTTATTAATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGACCCAGAATGGAAGATTGTGCTGTTACGGTACTTCAATCCTGTAGGATCCCATCCGAGTG
gattgac putative branch site (score: 7)
acatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ggaactagtggagtccttacgtgaccataagttcaaaacctgggcgtggcagagaaacatgcgatcgggagattgacattttgccttcaaacttgtgcagCTTATTAATGAAGACATTATGCGTGATGTTCATCATGCGGACCCAGAATGGAAGATTGTGCTGTTACGGTACTTCAATCCTGTAGGATCCCATCCGAGTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aacatgc