Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ccatttcccttcgactgtttttagtgtgtgtatgaatatgatcgttatcctgacgatgacgtaatctaatatttcttaaacgtgccttgcacttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTATGGTGATATCATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGAT

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S199_33V6.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S199_33V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os01g16900.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
----------------------------------------------------------------------------------ccatttcccttcga----ctgtttttagtgtgtgtatg------aatatgatcgttatcctg-acgatgacgtaatctaatatttcttaaacgtgccttgcacttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTATGGTGATATCATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGAT
                                                                                    ||   |||  ||    |   || |  | | |||||       | |   || | | ||||| ||  | |  ||||   |   ||  |    |  | |||  |   | ||| | |||||||| ||     | ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| || || ||| | |||||||| || ||||| || || || |
gtatgttgttctgctgataccaaaacctgtgctttgtttggtgttaatgttgaagcattcttcacactggtctgatgatctctgatcgacctgagaaatgcaaattatcctatttgtattctagccacttctattgctgtcctggacagttaattaatgacaccattgatttgtgaacattgtccccttgcagCTTGTGAAGAATCCTGGTCTTTTTGATGTACTGGTGATGCCAAATCTTTATGGTGATATTATTAGTGATCTTTGTGCTGGTCTGATTGGAGGCTTGGGCT

upper sequence: PP1S199_33V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT3G09810.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
------------------------------------------------------------------------------------------ccatttcccttcgactgtttttagtgtgtgta-tgaatatgatcgttatcctgacgatgacgtaatcta----atatttcttaaacg-tgccttgcacttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTATGGTGATATCATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGAT
                                                                                          |   ||   || ||  |||     |    | |    |||     ||   | |  || | |  | |  ||    | | |     |  | |    |  | |   |||| | ||||| |||||| || | |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| ||  ||||| 
gtaagctataacatgatatccaccctatcttttgttccaaattatgtaaaggtcaatctcattgttaattaagttagtatttgggataatcttgttgattttgaaggttagatttcccagcaacccatacttgggtctgcttttcgctaattttacttatggaacaatgtgggattgataatcttaattctgacagCTTGTGAAAAACCCAGCACTTTTTGATGTCTTGGTGATGCCAAATCTCTATGGAGATATTATCAGCGATTTGTGTGCTGGACTTGTTGGGGGACTAGGAC

upper sequence: PP1S199_33V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv08s0040g01700.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
-ccatttcccttcgactgtttttagtgtgtgtatgaatatgatcgttatcctgacgatgacgtaatctaatatttcttaaacgtgccttgcacttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTATGGTGATATCATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGAT
 | |  |   |  ||        |   | | || | |||||||    |     || | ||   ||      |   ||  ||| |  ||      |  |||| | |||||||| ||  |  | ||||||||||||||||||||||| || |||||||| || || || ||| | ||||||||  | ||||| ||  |||| |
gcaaaatatgtaagaaaaacgagatcat-tctaggcatatgatacagaaatgcactaggataaaactaggaaccactctaacttctctcttgaataaacagCTTGTGAAGAATCCTGCGCTTTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAACCTCTATGGTGACATTATTAGTGATCTCTGTGCTGGCTTGATTGGGGGACTAGGCT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162171537|gb|FC347839.1|FC347839
EST:     ATCNTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG                         TTGGTGAAGAACCCATCATTGTNTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
genomic: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: gi|18340057|gb|BJ172085.1|BJ172085
EST:     ATCATCGACAATTGCTGCATGATG                         TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
genomic: ATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: gi|67726238|gb|BJ976497.1|BJ976497
EST:     ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG                         TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
genomic: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: gi|162174845|gb|FC351637.1|FC351637
EST:     ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG                         TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
genomic: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: gi|100356789|gb|BY965281.1|BY965281
EST:     ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACNATTGCTGCATGATG                         TTGGTGAAGAACC-ATCATTGTTTGATGTNGT-GGTGATGCCTAAT
genomic: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGT-GTTGGTGATGCCTAAT
EST: gi|37853210|gb|BJ611218.1|BJ611218
EST:     TCGACAATTGCTGCATGATG                         TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
genomic: TCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: gi|162235877|gb|FC411620.1|FC411620
EST:     ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG                         TTGGTGAAGAACCCATCATTGTNTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
genomic: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: gi|67725138|gb|BJ975397.1|BJ975397
EST:     ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG                         TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATTCTTTA
genomic: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAA-TCTTTA
EST: gi|100394804|gb|BY989933.1|BY989933
EST:     ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG                         TGGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGA
genomic: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGA
EST: gi|67696691|gb|BJ956924.1|BJ956924
EST:     ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG                         TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
genomic: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: gi|162261041|gb|FC437435.1|FC437435
EST:     ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG                         TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
genomic: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: gi|208375010|gb|DC956406.1|DC956406
EST:     ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG                         TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
genomic: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: gi|162182686|gb|FC359433.1|FC359433
EST:     CGACAATTGCTGCATGATG                         TTGGTGAAGAACCCATCATTGTNTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
genomic: CGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: gi|208361101|gb|DC957552.1|DC957552
EST:     ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG                         TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
genomic: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: gi|37836533|gb|BJ594541.1|BJ594541
EST:     ATCCTGACATNGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG                         TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCNTAATCTTTAT
genomic: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: gi|18336310|gb|BJ168332.1|BJ168332
EST:     ATCGACAATTGCTGCATGATG                         TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
genomic: ATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: gi|162155666|gb|FC331279.1|FC331279
EST:     ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG                         TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
genomic: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: gi|162261042|gb|FC437436.1|FC437436
EST:     ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG                         TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
genomic: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: gi|37826181|gb|BJ584193.1|BJ584193
EST:     ATCCTGACATNGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG                         TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTNGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
genomic: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: gi|67724281|gb|BJ974540.1|BJ974540
EST:     GTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG                         TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
genomic: GTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: gi|37844324|gb|BJ602332.1|BJ602332
EST:     TGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG                         TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
genomic: TGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: gi|162174844|gb|FC351636.1|FC351636
EST:     ATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG                         TTGGTGAAGAACCCATCATTGTNTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
genomic: ATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: gi|208385227|gb|DC923593.1|DC923593
EST:     ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG                         TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
genomic: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
EST: gi|208367531|gb|DC954963.1|DC954963
EST:     ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATG                         TTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT
genomic: ATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 33 (upstream exon), 33 (downstream exon)
Score: 2

TGTTGTAGGGAAGTAGCTGCGGAGTATCCTGACATTGTGTATGAAGAAGTTATCATCGACAATTGCTGCATGATGgtgagtcttc ... acttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTATGGTGATATCATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGAT




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatcctgacgatgacgtaatctaatatttcttaaacgtgccttgcacttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTATGGTGATATCATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGAT
                taatctaatatttctt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ccatttcccttcgactgtttttagtgtgtgtatgaatatgatcgttatcctgacgatgacgtaatctaatatttcttaaacgtgccttgcacttgtacagTTGGTGAAGAACCCATCATTGTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAATCTTTATGGTGATATCATCAGCGATTTATGTGCTGGACTTATTGGCGGTTTAGGAT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA