Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tattacatggttaaatagggtaaaaccaactctgttatgaatgtgaaatcaagcacttcatgtggacctaaattattatcgtaagtgtgtatgtgtgtagGGGATGGGGTTCTTAGCAGGGTTGCTATTGCTTTACATGAGTGAGGAAGATGCCTTTTGGCTACTAGTTGCTCTGCTTAAAGGTGCTGTCCATGCACCAA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S15_13V6.3
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162179650|gb|FC355708.1|FC355708
EST:     ACGTTCTCAAGGCTTACTCAGTTTATGACCGAGATGTCGGTTATGTGCAG                         GGGATGGGGTTCTTAGCAGGGTTGCTATTGCTTTACATGAGTGAGGAAGAT
genomic: ACGTTCTCAAGGCTTACTCAGTTTATGACCGAGATGTCGGTTATGTGCAGgtaggaattg ... atgtgtgtagGGGATGGGGTTCTTAGCAGGGTTGCTATTGCTTTACATGAGTGAGGAAGAT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaatcaagcacttcatgtggacctaaattattatcgtaagtgtgtatgtgtgtagGGGATGGGGTTCTTAGCAGGGTTGCTATTGCTTTACATGAGTGAGGAAGATGCCTTTTGGCTACTAGTTGCTCTGCTTAAAGGTGCTGTCCATGCACCAA
                    acctaaa  putative branch site (score: 3)
                       taaattattatcgtaa  TA-rich tract