Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tttcgctgaagtatgtaaataaacattaggaagacggtgagagtacaatctcagtttcttttgaggatgcattagtcatgttatccatctgctttgccagGAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTACGGTGTTTACAAGTTTGCCAATGGTCATCGCTATGAAGGCTCATGGCAC

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S101_1V6.3
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S101_1V6.2 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv15s0021g01010.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
-------tttcgctgaagtatgtaaataaacattaggaagacggtgaga-gtacaatctcagtttcttttgaggatgcattagtcatgttatccatctgctttg-ccagGAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTACGGTGTTTACAAGTTTGCCAATGGTCATCGCTATGAAGGCTCATGGCAC
       |||| || | || ||    |||     |  ||  |  ||  |  |  ||  ||| ||     ||       | ||      ||||| || |  | |  |||| ||||| || || ||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||  ||  |||| || ||||||||||||||||| ||||| ||  | ||||| 
taaatgctttctctcatgt-tgcttctaag----aaaaatgcattgccatatgtaaattcaattcaacctgcttggttactaac----ttatctatatattatatccagAAATGGGGACACATATGCTGGAGAATACTTTGCAGACAAGATGCATGGGTTTGGAATTTATAATTTTGCCAATGGTCATCGGTATGAGGGAGCCTGGCAT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162255493|gb|FC431283.1|FC431283
EST:     GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAG                         GAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA
genomic: GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAGgtacctctag ... gctttgccagGAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA
EST: gi|162257862|gb|FC434060.1|FC434060
EST:     GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAG                         GAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA
genomic: GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAGgtacctctag ... gctttgccagGAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA
EST: gi|37845500|gb|BJ603508.1|BJ603508
EST:     GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAG                         GAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA
genomic: GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAGgtacctctag ... gctttgccagGAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA
EST: gi|162180334|gb|FC355339.1|FC355339
EST:     GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAG                         GAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA
genomic: GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAGgtacctctag ... gctttgccagGAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA
EST: gi|22492189|gb|BU052112.1|BU052112
EST:     GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAG                         GAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA
genomic: GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAGgtacctctag ... gctttgccagGAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA
EST: gi|162176368|gb|FC353553.1|FC353553
EST:     TTCTACCATTTCAG                         GAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA
genomic: TTCTACCATTTCAGgtacctctag ... gctttgccagGAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA
EST: gi|162181610|gb|FC357912.1|FC357912
EST:     GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAG                         GAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA
genomic: GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAGgtacctctag ... gctttgccagGAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA
EST: gi|162150914|gb|FC327394.1|FC327394
EST:     GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAG                         GAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA
genomic: GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAGgtacctctag ... gctttgccagGAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA
EST: gi|162180335|gb|FC355340.1|FC355340
EST:     GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAN                         GAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTT
genomic: GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAGgtacctctag ... gctttgccagGAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTT
EST: gi|162150913|gb|FC327393.1|FC327393
EST:     GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAG                         GAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA
genomic: GGTGAATTCAAATGGGGGGTGAAACATGGTGTCGGTTTCTACCATTTCAGgtacctctag ... gctttgccagGAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caatctcagtttcttttgaggatgcattagtcatgttatccatctgctttgccagGAATGGAGATACGTATGCCGGAGATTATTTTGCGGACAAGATGCATGGGTACGGTGTTTACAAGTTTGCCAATGGTCATCGCTATGAAGGCTCATGGCAC
                                          tctgcttt  CT-rich tract
         tttctttt  TA-rich tract