1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...tgttgagaactggagcttttcaccttgaatgtgtttaactattttgcacacattttaatcacttttacttcataagcacatgctttcatgtttgtgatagGTACACCACATAGGTCACCTTGACGCAGACGATCTTAACCTATCTGGCAACAAAAAGAGATGGAATACGTTGACAGCTCATGCGAACAGCAAGCTTGCCC
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S100_75V6.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGTCTNTGCTTCGTGGATCACCTTCACGAGTAGTTATGGTGAACTCTGTT GTACACCACATAGGTCACCTTGACGCAGACGATCTTAACCTATCTGGCAACEST: gi|162232785|gb|FC408192.1|FC408192
genomic: CGTCTTTGCTTCGTGGATCACCTTCACGAGTAGTTATGGTGAACTCTGTTgtaagtcatt ... tttgtgatagGTACACCACATAGGTCACCTTGACGCAGACGATCTTAACCTATCTGGCAAC
EST: CGTCTTTGCTTCGTGGATCACCTTCACGAGTAGTTATGGTGAACTCTGTT GTACACCACATAGGTCACCTTGACGCAGACGATCTTAACCTATCTGGCAAC
genomic: CGTCTTTGCTTCGTGGATCACCTTCACGAGTAGTTATGGTGAACTCTGTTgtaagtcatt ... tttgtgatagGTACACCACATAGGTCACCTTGACGCAGACGATCTTAACCTATCTGGCAAC
gcacacattttaatcacttttacttcataagcacatgctttcatgtttgtgatagGTACACCACATAGGTCACCTTGACGCAGACGATCTTAACCTATCTGGCAACAAAAAGAGATGGAATACGTTGACAGCTCATGCGAACAGCAAGCTTGCCC
ttttaat putative branch site (score: 3)
attttaatcactttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgttgagaactggagcttttcaccttgaatgtgtttaactattttgcacacattttaatcacttttacttcataagcacatgctttcatgtttgtgatagGTACACCACATAGGTCACCTTGACGCAGACGATCTTAACCTATCTGGCAACAAAAAGAGATGGAATACGTTGACAGCTCATGCGAACAGCAAGCTTGCCC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgcaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cacatgc