Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtttctgcggagtaacagtttttgtcggtgttttaagtggtttgtctcaactataattttgatcatgacgggtgcaagaactaacttggttgttctgcagATGACTGTTTTGACGCTGTATGTTTTTCTGTATGGCAAGGCTTATCTC

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S88_136V6.1
intron # 39
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162190897|gb|FC368095.1|FC368095
EST:     GAATGCTGTCGTTTTTCTATACATCCGTTGGTTTCTACGTATGCACAATG                         ATGACTGTTTTGACGCTGTATGTTTTTCTGTATGGCAAGGCTTATCTC
genomic: GAATGCTGTCGTTTTTCTATACATCCGTTGGTTTCTACGTATGCACAATGgttagtctca ... tgttctgcagATGACTGTTTTGACGCTGTATGTTTTTCTGTATGGCAAGGCTTATCTC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctcaactataattttgatcatgacgggtgcaagaactaacttggttgttctgcagATGACTGTTTTGACGCTGTATGTTTTTCTGTATGGCAAGGCTTATCTC
                                 aactaac  putative branch site (score: 1)
                                            ttgttct  putative PPT
      tataattttgatcat  TA-rich tract