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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtataaccatttagaaaattgaaattcatccctcgctctgttaaccatattttggaacctgatcatcgacgatgtgaaatggttattgaatggaaaaaaggttttaatgatgacttttgacccttctggattatacatttgttgagcagGTGATCCAGAAGTTCATGTTGAAGAAGGGGCAGGACATTACAGCTATGGCTCTAAACTGTGACAATAGTAACCTGTTGGTCTCAACAGCTAATCGGCAAC

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S62_38V6.1
intron # 30
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7648088|gb|AW739071.1|AW739071
EST:     CCTATGATCCCCAGCCAGCAATTATCCTTCTTGAGCTTTATACTCTCGAG                         GTGATCCAGAAGTTCATGTTGAAGAAGGGGCAGGACATTACAGCTATGGCT
genomic: CCTATGATCCCCAGCCAGCAATTATCCTTCTTGAGCTTTATACTCTCGAGgtataaccat ... tgttgagcagGTGATCCAGAAGTTCATGTTGAAGAAGGGGCAGGACATTACAGCTATGGCT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaaaaggttttaatgatgacttttgacccttctggattatacatttgttgagcagGTGATCCAGAAGTTCATGTTGAAGAAGGGGCAGGACATTACAGCTATGGCTCTAAACTGTGACAATAGTAACCTGTTGGTCTCAACAGCTAATCGGCAAC
                    ttttgac  putative branch site (score: 3)
                                   attatacatttgtt  TA-rich tract