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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatacgttctcgccttgatttgaccttgctaagaaaattaatgctttgacttggtgtattgtgtatggttttttgtataacttgtgtaattcctgatgcagGAGGAGAACACTGCTCTACGACACAAAATTGAAGACTTAAGCGCTAAATTAAGACGAACAGAGGTCTTGTTAGCACGAGTGACCGATGAGCTGGCAAAAT

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S45_257V6.1
intron # 30
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162158290|gb|FC334709.1|FC334709
EST:     CTGGGCAGCAGAACCTCCAGCAACGAATTCAGCATCACGCCAAAATAAAG                         GAGGAGAACACTGCTCTACGACACAAAATTGAAGACTTAAGCGCTAAATTA
genomic: CTGGGCAGCAGAACCTCCAGCAACGAATTCAGCATCACGCCAAAATAAAGgtatacgttc ... cctgatgcagGAGGAGAACACTGCTCTACGACACAAAATTGAAGACTTAAGCGCTAAATTA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgacttggtgtattgtgtatggttttttgtataacttgtgtaattcctgatgcagGAGGAGAACACTGCTCTACGACACAAAATTGAAGACTTAAGCGCTAAATTAAGACGAACAGAGGTCTTGTTAGCACGAGTGACCGATGAGCTGGCAAAAT
                                            tcctgat  putative branch site (score: 3)
                                           ttcct  CT-rich tract
                      ttttttgtataactt  TA-rich tract