1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtatcaaccactacaccacagccagttcacgtttccttcctattttccttccgccattgttcccttctccacaaactttgaggatgacgtgggtatcatgtttgtagGGGTCCAGGTCTCCTAATGCTCATCCTTTCATGGGTCATCACCCTCTTCACACTCTGGCAAATGGTGGAGATGCACGAAGCTGTGCCCGGAAAGCGATTC
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S79_71V6.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGGGAGCAGGAGTTCTCGCTTTGCCCAACGCCATGGTCTACCTTACATG GGGTCCAGGTCTCCTAATGCTCATCCTTTCATGGGTCATCACCCTCTTCACEST: gi|18373471|gb|BJ205049.1|BJ205049
genomic: ATGGGAGCAGGAGTTCTCGCTTTGCCCAACGCCATGGTCTACCTTACATGgtatcaacca ... atgtttgtagGGGTCCAGGTCTCCTAATGCTCATCCTTTCATGGGTCATCACCCTCTTCAC
EST: ATGGGAGCAGGAGTTCTCGCTTTGCCCAACGCCATGGTCTACCTTACATG GGGTCCAGGTCTCCTAATGCTCATCCTTTCATGGGTCATCACCCTCTTCACEST: gi|67716628|gb|BJ966888.1|BJ966888
genomic: ATGGGAGCAGGAGTTCTCGCTTTGCCCAACGCCATGGTCTACCTTACATGgtatcaacca ... atgtttgtagGGGTCCAGGTCTCCTAATGCTCATCCTTTCATGGGTCATCACCCTCTTCAC
EST: ATGGGANCANGAGTTCTCGCTTTGCCCAACGCCATGGTCTACCTTACATG GGGTCCAGGTCTCCTAATGNTCATCCTTTCATGGGTCATCACCCTCTTCAC
genomic: ATGGGAGCAGGAGTTCTCGCTTTGCCCAACGCCATGGTCTACCTTACATGgtatcaacca ... atgtttgtagGGGTCCAGGTCTCCTAATGCTCATCCTTTCATGGGTCATCACCCTCTTCAC
gccattgttcccttctccacaaactttgaggatgacgtgggtatcatgtttgtagGGGTCCAGGTCTCCTAATGCTCATCCTTTCATGGGTCATCACCCTCTTCACACTCTGGCAAATGGTGGAGATGCACGAAGCTGTGCCCGGAAAGCGATTC
aaacttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatcaaccactacaccacagccagttcacgtttccttcctattttccttccgccattgttcccttctccacaaactttgaggatgacgtgggtatcatgtttgtagGGGTCCAGGTCTCCTAATGCTCATCCTTTCATGGGTCATCACCCTCTTCACACTCTGGCAAATGGTGGAGATGCACGAAGCTGTGCCCGGAAAGCGATTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG