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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agtccctgatagtccccaaagcatgcagttattcatgcaattcacattcgcttaaggtcatgataaaaaggaggctctaactacactaagttccttgcagGCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCATTCTCCTTGACTTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S78_51V6.2
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162223284|gb|FC400552.1|FC400552
EST:     TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATG                         GCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCA
genomic: TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATGgtgagttaaa ... ttccttgcagGCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCA
EST: gi|100377096|gb|BY968361.1|BY968361
EST:     TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAA-CGGTCTCGTCAGTGCTTATG                         GCAGCGTTCCCCGCTTTGGGTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCCAGGT-GTC
genomic: TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATGgtgagttaaa ... ttccttgcagGCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCC-AGGTTGTC
EST: gi|67569551|gb|BJ942375.1|BJ942375
EST:     TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATG                         GCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCANGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCA
genomic: TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATGgtgagttaaa ... ttccttgcagGCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCA
EST: gi|162159385|gb|FC335173.1|FC335173
EST:     TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATG                         GCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCA
genomic: TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATGgtgagttaaa ... ttccttgcagGCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCA
EST: gi|162259610|gb|FC436473.1|FC436473
EST:     TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATG                         GCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCA
genomic: TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATGgtgagttaaa ... ttccttgcagGCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCA
EST: gi|208360854|gb|DC934750.1|DC934750
EST:     TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATG                         GCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCA
genomic: TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATGgtgagttaaa ... ttccttgcagGCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCA
EST: gi|208374347|gb|DC941160.1|DC941160
EST:     TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATG                         GCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCA
genomic: TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATGgtgagttaaa ... ttccttgcagGCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCA
EST: gi|162279685|gb|FC455398.1|FC455398
EST:     TCAGTGCTTATG                         GCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCA
genomic: TCAGTGCTTATGgtgagttaaa ... ttccttgcagGCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCA
EST: gi|100447063|gb|CJ971362.1|CJ971362
EST:     TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATG                         GCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCA
genomic: TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATGgtgagttaaa ... ttccttgcagGCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCA
EST: gi|208357565|gb|DC934073.1|DC934073
EST:     TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATG                         GCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCA
genomic: TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATGgtgagttaaa ... ttccttgcagGCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCA
EST: gi|162272333|gb|FC449011.1|FC449011
EST:     TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATG                         GCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCA
genomic: TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATGgtgagttaaa ... ttccttgcagGCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCA
EST: gi|100366190|gb|BY967324.1|BY967324
EST:     TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATG                         GCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCA
genomic: TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATGgtgagttaaa ... ttccttgcagGCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCA
EST: gi|208350208|gb|DC901592.1|DC901592
EST:     TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATG                         GCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCA
genomic: TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATGgtgagttaaa ... ttccttgcagGCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCA
EST: gi|162190510|gb|FC365732.1|FC365732
EST:     TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATG                         GCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCA
genomic: TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATGgtgagttaaa ... ttccttgcagGCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCA
EST: gi|100438163|gb|BY961685.1|BY961685
EST:     TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATG                         GCAGCGTTTCCCGCTTTNGGT-CAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTC
genomic: TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATGgtgagttaaa ... ttccttgcagGCAGCGTTTCCCGCTTT-GGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTC
EST: gi|208389023|gb|DC937356.1|DC937356
EST:     TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATG                         GCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCA
genomic: TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATGgtgagttaaa ... ttccttgcagGCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCA
EST: gi|162173089|gb|FC349195.1|FC349195
EST:     TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATG                         GCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCA
genomic: TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATGgtgagttaaa ... ttccttgcagGCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCA
EST: gi|18357289|gb|BJ189348.1|BJ189348
EST:     TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATG                         GCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTG
genomic: TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATGgtgagttaaa ... ttccttgcagGCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTG
EST: gi|100416027|gb|BY957042.1|BY957042
EST:     TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATG                         GCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCA
genomic: TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATGgtgagttaaa ... ttccttgcagGCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCA
EST: gi|18327728|gb|BJ159731.1|BJ159731
EST:     TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATG                         GCAGCGTTTCC
genomic: TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATGgtgagttaaa ... ttccttgcagGCAGCGTTTCC
EST: gi|162276898|gb|FC452580.1|FC452580
EST:     TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATG                         GCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCA
genomic: TACGATAATACTTATGTTTTTCCTCCCAAACGGTCTCGTCAGTGCTTATGgtgagttaaa ... ttccttgcagGCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attcgcttaaggtcatgataaaaaggaggctctaactacactaagttccttgcagGCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCATTCTCCTTGACTTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGA
                             ctctaac  putative branch site (score: 2)
                                             ttccttgc  putative PPT
              atgataaaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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agtccctgatagtccccaaagcatgcagttattcatgcaattcacattcgcttaaggtcatgataaaaaggaggctctaactacactaagttccttgcagGCAGCGTTTCCCGCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCATTCTCCTTGACTTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGA

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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC