1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...tatcacacgctatcgatacgagcagtgctatttttcgtgatggaaaggggattaatgtttttgaccagtggtgtaattatgttccttgcttggtttgcagTTAAGACAAGTAATTCTATCCCAGATACTGCTATTGGGAGGATAACTCATGGGACCAGGTTGCTGATGGAAGGGGGCTTTGAAGGCGTGTACAAACAAAC
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S78_27V6.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
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EST: CAAGTGGGGAAAACAGGCCGAGAGTATTGCAGGCAGCTTCTGGGGTCACA TTAAGACAAGTAATTCTATCCCAGATACTGCTATTGGGAGGATAACTCATGEST: gi|100373686|gb|BY967780.1|BY967780
genomic: CAAGTGGGGAAAACAGGCCGAGAGTATTGCAGGCAGCTTCTGGGGTCACAgtaagtcagg ... tggtttgcagTTAAGACAAGTAATTCTATCCCAGATACTGCTATTGGGAGGATAACTCATG
EST: CAAGTGGGGAAAACAGGCCGAGAGTATTGCAGGCAGCTTCTGGGGTCACA TTAAGACAAGTAATTCTATCCCAGATACTGCTATTGGGAGGATAACTCATG
genomic: CAAGTGGGGAAAACAGGCCGAGAGTATTGCAGGCAGCTTCTGGGGTCACAgtaagtcagg ... tggtttgcagTTAAGACAAGTAATTCTATCCCAGATACTGCTATTGGGAGGATAACTCATG
aggggattaatgtttttgaccagtggtgtaattatgttccttgcttggtttgcagTTAAGACAAGTAATTCTATCCCAGATACTGCTATTGGGAGGATAACTCATGGGACCAGGTTGCTGATGGAAGGGGGCTTTGAAGGCGTGTACAAACAAAC
ttttgac putative branch site (score: 36)
ttccttgctt putative PPT
attaatgtttttga TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tatcacacgctatcgatacgagcagtgctatttttcgtgatggaaaggggattaatgtttttgaccagtggtgtaattatgttccttgcttggtttgcagTTAAGACAAGTAATTCTATCCCAGATACTGCTATTGGGAGGATAACTCATGGGACCAGGTTGCTGATGGAAGGGGGCTTTGAAGGCGTGTACAAACAAAC
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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
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- -cacacgc