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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattttttatttttatttttattttttaatatcgcattgcaactacgattgtcttgcttaggcagtgccttttttctttttctttttcttttttttccccctatatacgcgactttgtttgtttcagccagtcaccataactaactagtgtttcacggtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGTCATAAATTACCCTCTCCGAGTGCAACAACTACGCGACACTCTGAACTCG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S6_398V6.2
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162271546|gb|FC446495.1|FC446495
EST:     CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG                         ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: gi|37847224|gb|BJ605232.1|BJ605232
EST:     TGCTGTAACAGACCTTGACAG                         ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
genomic: TGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: gi|162174508|gb|FC350787.1|FC350787
EST:     CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTGGCTGTAACAGACCNTGACAG                         ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: gi|162193844|gb|FC369226.1|FC369226
EST:     CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG                         ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: gi|162246694|gb|FC425287.1|FC425287
EST:     CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG                         ATGGAAAAGCTCGATCCACAA-GACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: gi|162208400|gb|FC384712.1|FC384712
EST:     CTGTAACAGACCTTGACAG                         ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
genomic: CTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: gi|162171182|gb|FC347796.1|FC347796
EST:     CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG                         ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: gi|162202001|gb|FC377207.1|FC377207
EST:     CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG                         ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: gi|162183124|gb|FC360079.1|FC360079
EST:     CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG                         ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: gi|162174509|gb|FC350788.1|FC350788
EST:     CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG                         ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: gi|162269164|gb|FC445032.1|FC445032
EST:     CAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACC-TGNACAG                         ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAG
genomic: CAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTG-ACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAG
EST: gi|162208153|gb|FC384283.1|FC384283
EST:     CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG                         ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAAG
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCA-G
EST: gi|18334382|gb|BJ166399.1|BJ166399
EST:     ACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG                         ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
genomic: ACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: gi|162269165|gb|FC445033.1|FC445033
EST:     CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG                         ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: gi|162174511|gb|FC350790.1|FC350790
EST:     CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG                         ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: gi|162262873|gb|FC440007.1|FC440007
EST:     CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG                         ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: gi|208394135|gb|DC957216.1|DC957216
EST:     CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG                         ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: gi|162196806|gb|FC374706.1|FC374706
EST:     CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG                         ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: gi|162279187|gb|FC455734.1|FC455734
EST:     CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG                         ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: gi|162279186|gb|FC455733.1|FC455733
EST:     CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG                         ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: gi|162187807|gb|FC364693.1|FC364693
EST:     CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG                         ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: gi|100412957|gb|BY992518.1|BY992518
EST:     CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG                         ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctttgtttgtttcagccagtcaccataactaactagtgtttcacggtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGTCATAAATTACCCTCTCCGAGTGCAACAACTACGCGACACTCTGAACTCG
                          aactaac  putative branch site (score: 1)
                        ataactaa  TA-rich tract