1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtaattttttatttttatttttattttttaatatcgcattgcaactacgattgtcttgcttaggcagtgccttttttctttttctttttcttttttttccccctatatacgcgactttgtttgtttcagccagtcaccataactaactagtgtttcacggtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGTCATAAATTACCCTCTCCGAGTGCAACAACTACGCGACACTCTGAACTCG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S6_398V6.2 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGTEST: gi|37847224|gb|BJ605232.1|BJ605232
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: TGCTGTAACAGACCTTGACAG ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGTEST: gi|162174508|gb|FC350787.1|FC350787
genomic: TGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTGGCTGTAACAGACCNTGACAG ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGTEST: gi|162193844|gb|FC369226.1|FC369226
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGTEST: gi|162246694|gb|FC425287.1|FC425287
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG ATGGAAAAGCTCGATCCACAA-GACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGTEST: gi|162208400|gb|FC384712.1|FC384712
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: CTGTAACAGACCTTGACAG ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGTEST: gi|162171182|gb|FC347796.1|FC347796
genomic: CTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGTEST: gi|162202001|gb|FC377207.1|FC377207
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGTEST: gi|162183124|gb|FC360079.1|FC360079
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGTEST: gi|162174509|gb|FC350788.1|FC350788
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGTEST: gi|162269164|gb|FC445032.1|FC445032
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: CAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACC-TGNACAG ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGEST: gi|162208153|gb|FC384283.1|FC384283
genomic: CAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTG-ACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAG
EST: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAAGEST: gi|18334382|gb|BJ166399.1|BJ166399
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCA-G
EST: ACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGTEST: gi|162269165|gb|FC445033.1|FC445033
genomic: ACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGTEST: gi|162174511|gb|FC350790.1|FC350790
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGTEST: gi|162262873|gb|FC440007.1|FC440007
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGTEST: gi|208394135|gb|DC957216.1|DC957216
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGTEST: gi|162196806|gb|FC374706.1|FC374706
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGTEST: gi|162279187|gb|FC455734.1|FC455734
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGTEST: gi|162279186|gb|FC455733.1|FC455733
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGTEST: gi|162187807|gb|FC364693.1|FC364693
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGTEST: gi|100412957|gb|BY992518.1|BY992518
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
EST: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAG ATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
genomic: CCAAACATCACAGCTCGAGTTGTCCTTGTTGCTGTAACAGACCTTGACAGgtaatttttt ... gtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGT
ctttgtttgtttcagccagtcaccataactaactagtgtttcacggtcggtgcagATGGAAAAGCTCGATCCACAAAGACGACATGTCTGCAGGATTGGACGCAGTCATAAATTACCCTCTCCGAGTGCAACAACTACGCGACACTCTGAACTCG
aactaac putative branch site (score: 1)
ataactaa TA-rich tract