Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtcagtcaaggacttacattagtaatttttacagcaatctgttcgccttattttgttccgggtgtaattgaatgtcattctgagtcgcggaagctatgccttgtgcgaattcactatagaaaacagagtttgggaaaaaaaaagtgcttcaagatgacaaagtgcgggtatcttgggcccggggttgcagACAGTATTGACATGCTTGGCTGTGGCGTGGGGCCTTCGATTGTCAATCTTTCTTCTGTTGCG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S69_206V6.2
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208360863|gb|DC934759.1|DC934759
EST:     TACTTGCTGTTACAACCTTCCTTCTCAATGGCACACACTACTTCCGCCAG                         ACAGTATTGACATGCTTGGCTGTGGCGTGGGGCCTTCGATTGTCAATCTTT
genomic: TACTTGCTGTTACAACCTTCCTTCTCAATGGCACACACTACTTCCGCCAGgtcagtcaag ... ggggttgcagACAGTATTGACATGCTTGGCTGTGGCGTGGGGCCTTCGATTGTCAATCTTT
EST: gi|208364468|gb|DC958037.1|DC958037
EST:     AATGGCACACACTACNTNCCGCCAG                         ACAGTATTGACATGCTTGGCTGTGGCGTGGGGCCTTCGATTGTCAATCTT
genomic: AATGGCACACACTAC-TTCCGCCAGgtcagtcaag ... ggggttgcagACAGTATTGACATGCTTGGCTGTGGCGTGGGGCCTTCGATTGTCAATCTT
EST: gi|208363913|gb|DC939562.1|DC939562
EST:     TACTTGCTGTTACAACCTTCCTTCTCAATGGCACACACTACTTCCGCCAG                         ACAGTATTGACATGCTTGGCTGTGGCGTGGGGCCTTCGATTGTCAATCTTT
genomic: TACTTGCTGTTACAACCTTCCTTCTCAATGGCACACACTACTTCCGCCAGgtcagtcaag ... ggggttgcagACAGTATTGACATGCTTGGCTGTGGCGTGGGGCCTTCGATTGTCAATCTTT
EST: gi|208392519|gb|DC933933.1|DC933933
EST:     TACTTGCTGTTACAACCTTCCTTCTCAATGGCACACACTACTTCCGCCAG                         ACAGTATTGACATGCTTGGCTGTGGCGTGGGGCCTTCGATTGTCAATCTTT
genomic: TACTTGCTGTTACAACCTTCCTTCTCAATGGCACACACTACTTCCGCCAGgtcagtcaag ... ggggttgcagACAGTATTGACATGCTTGGCTGTGGCGTGGGGCCTTCGATTGTCAATCTTT
EST: gi|208360887|gb|DC934783.1|DC934783
EST:     TACTTGCTGTTACAACCTTCCTTCTCAATGGCACACACTACTTCCGCCAG                         ACAGTATTGACATGCTTGGCTGTGGCGTGGGGCCTTCGATTGTCAATCTTT
genomic: TACTTGCTGTTACAACCTTCCTTCTCAATGGCACACACTACTTCCGCCAGgtcagtcaag ... ggggttgcagACAGTATTGACATGCTTGGCTGTGGCGTGGGGCCTTCGATTGTCAATCTTT
EST: gi|208358230|gb|DC934507.1|DC934507
EST:     TACTTGCTGTTACAACCTTCCTTCTCAATGGCACACACTACTTCCGCCAG                         ACAGTATTGACATGCTTGGCTGTGGCGTGGGGCCTTCGATTGTCAATCTTT
genomic: TACTTGCTGTTACAACCTTCCTTCTCAATGGCACACACTACTTCCGCCAGgtcagtcaag ... ggggttgcagACAGTATTGACATGCTTGGCTGTGGCGTGGGGCCTTCGATTGTCAATCTTT
EST: gi|208384874|gb|DC907487.1|DC907487
EST:     TACTTGCTGTTACAACCTTCCTTCTCAATGGCACACACTACTTCCGCCAG                         ACAGTATTGACATGCTTGGCTGTGGCGTGGGGCCTTCGATTGTCAATCTTT
genomic: TACTTGCTGTTACAACCTTCCTTCTCAATGGCACACACTACTTCCGCCAGgtcagtcaag ... ggggttgcagACAGTATTGACATGCTTGGCTGTGGCGTGGGGCCTTCGATTGTCAATCTTT
EST: gi|208377672|gb|DC932208.1|DC932208
EST:     TACTTGCTGTTACAACCTTCCTTCTCAATGGCACACACTACTTCCGCCAG                         ACAGTATTGACATGCTTGGCTGTGGCGTGGGGCCTTCGATTGTCAATCTTT
genomic: TACTTGCTGTTACAACCTTCCTTCTCAATGGCACACACTACTTCCGCCAGgtcagtcaag ... ggggttgcagACAGTATTGACATGCTTGGCTGTGGCGTGGGGCCTTCGATTGTCAATCTTT
EST: gi|208380943|gb|DC902973.1|DC902973
EST:     TACTTGCTGTTACAACCTTCCTTCTCAATGGCACACACTACTTCCG-C--                         -CAGTATTGACATGCTTGGCTGTGGCGTGGGGCCTTCGATTGTCAATCTTT
genomic: TACTTGCTGTTACAACCTTCCTTCTCAATGGCACACACTACTTCCGCCAGgtcagtcaag ... ggggttgcagACAGTATTGACATGCTTGGCTGTGGCGTGGGGCCTTCGATTGTCAATCTTT