Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcatgtcggtcctgcttgtttgttggttgctgtagacttagcagatagttttggatttttgaaaccaagcggtgtgtgtagatcagttgcgggtaggattgcttgtttttgtgcgatcatgctaattcttgtggtaatcgtttgatctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCCGAATATTTGGGAGGTGCAGTTACCTGTGATGCATATCATATGACGGATC

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S52_45V6.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208385483|gb|DC956667.1|DC956667
EST:     GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|67727266|gb|BJ977525.1|BJ977525
EST:     GGGATAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|208363380|gb|DC946978.1|DC946978
EST:     GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|162231218|gb|FC407005.1|FC407005
EST:     GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|67724954|gb|BJ975213.1|BJ975213
EST:     GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCNGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|208386909|gb|DC956906.1|DC956906
EST:     GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCANTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|208386836|gb|DC953503.1|DC953503
EST:     GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|162183531|gb|FC359629.1|FC359629
EST:     GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|162226789|gb|FC403822.1|FC403822
EST:     GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|162254133|gb|FC429657.1|FC429657
EST:     GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTACTG                         GTTATGGAAAGTTTAGAGCACGCATTGAAATGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|208399439|gb|DC924869.1|DC924869
EST:     GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|208394499|gb|DC953538.1|DC953538
EST:     GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|208387574|gb|DC953316.1|DC953316
EST:     GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|37851675|gb|BJ609683.1|BJ609683
EST:     GGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|208366252|gb|DC943812.1|DC943812
EST:     GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|18337911|gb|BJ169935.1|BJ169935
EST:     GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|162166325|gb|FC342918.1|FC342918
EST:     GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|67725320|gb|BJ975579.1|BJ975579
EST:     GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
EST: gi|37850094|gb|BJ608102.1|BJ608102
EST:     GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTG                         GTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC
genomic: GGGACAAGGATCGTGAAGGTTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTGCTGgtatgcatgt ... atctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgcttgtttttgtgcgatcatgctaattcttgtggtaatcgtttgatctatgaagGTTATGGAAAGTCTAGAGCACGCATTGAAACGAGGTGCACCAATTGTGGCCGAATATTTGGGAGGTGCAGTTACCTGTGATGCATATCATATGACGGATC
                       taattctt  TA-rich tract