Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttcccttggatcgttgagtggtgttaaatctgaatattgcaaagtttcatttcatctattaaatagagcatttgcattgtctgttgtctgtgtcgctcagGTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S4_12V6.2
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100414742|gb|BY956841.1|BY956841
EST:     CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAG                         GTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
genomic: CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAGgttcaccact ... tgtcgctcagGTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
EST: gi|67718841|gb|BJ969100.1|BJ969100
EST:     CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAG                         GTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
genomic: CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAGgttcaccact ... tgtcgctcagGTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
EST: gi|162159187|gb|FC334358.1|FC334358
EST:     CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAG                         GTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
genomic: CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAGgttcaccact ... tgtcgctcagGTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
EST: gi|67571702|gb|BJ944526.1|BJ944526
EST:     CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAG                         GTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
genomic: CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAGgttcaccact ... tgtcgctcagGTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
EST: gi|100375450|gb|BY948872.1|BY948872
EST:     CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTCCCTTCTGACAAAGTGAAAG                         GTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
genomic: CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAGgttcaccact ... tgtcgctcagGTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
EST: gi|18371464|gb|BJ203066.1|BJ203066
EST:     CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAG                         GTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
genomic: CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAGgttcaccact ... tgtcgctcagGTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
EST: gi|67568839|gb|BJ941663.1|BJ941663
EST:     CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAG                         GTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
genomic: CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAGgttcaccact ... tgtcgctcagGTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
EST: gi|18354475|gb|BJ186531.1|BJ186531
EST:     CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAG                         GTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
genomic: CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAGgttcaccact ... tgtcgctcagGTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
EST: gi|18348776|gb|BJ180825.1|BJ180825
EST:     CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAG                         GTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
genomic: CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAGgttcaccact ... tgtcgctcagGTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
EST: gi|208351568|gb|DC909998.1|DC909998
EST:     CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAG                         GTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
genomic: CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAGgttcaccact ... tgtcgctcagGTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
EST: gi|162257953|gb|FC433839.1|FC433839
EST:     CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAG                         GTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
genomic: CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAGgttcaccact ... tgtcgctcagGTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
EST: gi|162185024|gb|FC362470.1|FC362470
EST:     GACAAAGTGAAAG                         GTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
genomic: GACAAAGTGAAAGgttcaccact ... tgtcgctcagGTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
EST: gi|67717090|gb|BJ967349.1|BJ967349
EST:     CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAG                         GTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
genomic: CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAGgttcaccact ... tgtcgctcagGTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
EST: gi|100437911|gb|BY961558.1|BY961558
EST:     CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAG                         GTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
genomic: CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAGgttcaccact ... tgtcgctcagGTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
EST: gi|18363906|gb|BJ195978.1|BJ195978
EST:     CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAG                         GTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
genomic: CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAGgttcaccact ... tgtcgctcagGTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
EST: gi|18368891|gb|BJ200976.1|BJ200976
EST:     CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAG                         GTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
genomic: CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAGgttcaccact ... tgtcgctcagGTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
EST: gi|67570443|gb|BJ943267.1|BJ943267
EST:     CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAG                         GTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
genomic: CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAGgttcaccact ... tgtcgctcagGTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
EST: gi|18347743|gb|BJ179790.1|BJ179790
EST:     CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAG                         GTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
genomic: CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAGgttcaccact ... tgtcgctcagGTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
EST: gi|162276463|gb|FC452466.1|FC452466
EST:     CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAG                         GTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA
genomic: CAACTTTGTGCAAGCCACCTTCGATGCCCTTCCTTCTGACAAAGTGAAAGgttcaccact ... tgtcgctcagGTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttcatttcatctattaaatagagcatttgcattgtctgttgtctgtgtcgctcagGTTCCAACATAGTCGTGTCTGGTGATGGCCGTTACTGGTCAACGGAAGCTATCCAG
     ttcatctattaaata  TA-rich tract