Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtcaaaagtgtaatatagcaatgtgctgttatgacattatagaatatgactttaagatggcatttgcttgtgtgccttgtcctcatacttggaagggtagTTGCATAGGGTTGAAGTGCATACGTTCGTGCGTTTCGATGGCAAGTGGGTCCCAAAGGTGTATGTGTTCGGGCACTCCAGTGCTCCTGATGTTCAGCAGT

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S48_58V6.3
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100370469|gb|BY985425.1|BY985425
EST:     TTAACCAGGCCAAAGTGCAGTTGTGTGGAGGTTCTCTCGCACCAAAGCAG                         TTGCATAGGGTTGAAGTGCATACGTTCGTGCGTTTCGATGGCAAGTGGGTC
genomic: TTAACCAGGCCAAAGTGCAGTTGTGTGGAGGTTCTCTCGCACCAAAGCAGgtatgcgaat ... ggaagggtagTTGCATAGGGTTGAAGTGCATACGTTCGTGCGTTTCGATGGCAAGTGGGTC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgactttaagatggcatttgcttgtgtgccttgtcctcatacttggaagggtagTTGCATAGGGTTGAAGTGCATACGTTCGTGCGTTTCGATGGCAAGTGGGTCCCAAAGGTGTATGTGTTCGGGCACTCCAGTGCTCCTGATGTTCAGCAGT
     tttaagat  TA-rich tract