1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...ttctagcaaatgttgcacttcaggtgttgaatatactttagttgtatttgatttttatcgaattttttcactaccttaatttcatgttggagctgtgcagATCGGTGTTTGTGGGGGATGTGGTGATGCTGAAGGATCCACAAAATCCAGAAACAAAGTTAGTACGAAGAATTGCAGCATTGGAAGGAGAGGAGATGGTT
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S47_94V6.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGTCAAGGAGAGACATTACTTATTCGCTCTCTTCCGCGACCGAGTCCAAG ATCGGTGTTTGTGGGGGATGTGGTGATGCTGAAGGATCCACAAAATCCAGAEST: gi|67693814|gb|BJ954047.1|BJ954047
genomic: AGTCAAGGAGAGACATTACTTATTCGCTCTCTTCCGCGACCGAGTCCAAGgtaatcttca ... agctgtgcagATCGGTGTTTGTGGGGGATGTGGTGATGCTGAAGGATCCACAAAATCCAGA
EST: AGTCAAGGAGAGACATTACTTATTCGCTCTCTTCCGCGACCGAGTCCAAG ATCGGTGTTTGTGGGGGATGTGGTGATGCTGAAGGATCCACAAAATCCAGAEST: gi|208345079|gb|DC925433.1|DC925433
genomic: AGTCAAGGAGAGACATTACTTATTCGCTCTCTTCCGCGACCGAGTCCAAGgtaatcttca ... agctgtgcagATCGGTGTTTGTGGGGGATGTGGTGATGCTGAAGGATCCACAAAATCCAGA
EST: AGTCAAGGAGAGACA-TAATTATTCGCTCTCTTCCGCGACCGAGTCCAAG ATCGGTGTTTGTGGGGGATGTGGTGATGCTGAAGGATCCACAAAATCCAGA
genomic: AGTCAAGGAGAGACATTACTTATTCGCTCTCTTCCGCGACCGAGTCCAAGgtaatcttca ... agctgtgcagATCGGTGTTTGTGGGGGATGTGGTGATGCTGAAGGATCCACAAAATCCAGA
atttgatttttatcgaattttttcactaccttaatttcatgttggagctgtgcagATCGGTGTTTGTGGGGGATGTGGTGATGCTGAAGGATCCACAAAATCCAGAAACAAAGTTAGTACGAAGAATTGCAGCATTGGAAGGAGAGGAGATGGTT
ccttaat putative branch site (score: 2)
atttttatcgaatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttctagcaaatgttgcacttcaggtgttgaatatactttagttgtatttgatttttatcgaattttttcactaccttaatttcatgttggagctgtgcagATCGGTGTTTGTGGGGGATGTGGTGATGCTGAAGGATCCACAAAATCCAGAAACAAAGTTAGTACGAAGAATTGCAGCATTGGAAGGAGAGGAGATGGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - tgttgca
- - - - - - - - - - - - tgttgaa