Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagttgaattgctgattacctatggacatttaaagaggctagcttatgatgaccctcttgttacactaacttcacacagaattcatttttgtgtcaacgaggtcatctctgacagatgtttgtttggtataacttgcgctttgcacagAAAGGCCATTGTGGGATTTATGGCATGAACTGTCCAGAATGGTTCACTGCTATGGAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S47_161V6.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100354811|gb|BY983577.1|BY983577
EST:     TGATGTTCTGCAAATTGGTTCAGCAATGCGATATGTGGGAGTCAATCCNG                         AATG-CCATTGTGGGATTTATGGCATGAACTGTCCAGAATGGTTCACTGC
genomic: TAATGTTCTGCAAATTGGTTCAGCAATGCGATATGTGGGAGTCAATCC-Ggtgagttgaa ... ctttgcacagAAAGGCCATTGTGGGATTTATGGCATGAACTGTCCAGAATGGTTCACTGC
EST: gi|162149873|gb|FC326196.1|FC326196
EST:     ATAATGTTCTGCAAATTGGTTCAGCAATGCGATATGTGGGAGTCAATCCG                         AAAGGCCATTGTGGGATTTATGGCATGAACTGTCCAGAATGGTTCACTGCT
genomic: ATAATGTTCTGCAAATTGGTTCAGCAATGCGATATGTGGGAGTCAATCCGgtgagttgaa ... ctttgcacagAAAGGCCATTGTGGGATTTATGGCATGAACTGTCCAGAATGGTTCACTGCT
EST: gi|67569282|gb|BJ942106.1|BJ942106
EST:     ATAATGTTCTGCAAATTGGTTCAGCAATGCGATATGTGGGAGTCAATCCG                         AAAGGCCATTGTGGGATTTATGGCATGAACTGTCCAGAATGGTTCACTGCT
genomic: ATAATGTTCTGCAAATTGGTTCAGCAATGCGATATGTGGGAGTCAATCCGgtgagttgaa ... ctttgcacagAAAGGCCATTGTGGGATTTATGGCATGAACTGTCCAGAATGGTTCACTGCT
EST: gi|162194189|gb|FC371040.1|FC371040
EST:     ATAATGTTCTGCAAATTGGTTCAGCAATGCGATATGTGGGAGTCAATCCG                         AAAGGCCATTGTGGGATTTATGGCATGAACTGTCCAGAATGGTTCACTGCT
genomic: ATAATGTTCTGCAAATTGGTTCAGCAATGCGATATGTGGGAGTCAATCCGgtgagttgaa ... ctttgcacagAAAGGCCATTGTGGGATTTATGGCATGAACTGTCCAGAATGGTTCACTGCT
EST: gi|162197005|gb|FC375217.1|FC375217
EST:     ATAATGTTCTGCAAATTGGTTCAGCAATGCGATATGTGGGAGTCAATCCG                         AAAGGCCATTGTGGGATTTATGGCATGAACTGTCCAGAATGGTTCACTGCT
genomic: ATAATGTTCTGCAAATTGGTTCAGCAATGCGATATGTGGGAGTCAATCCGgtgagttgaa ... ctttgcacagAAAGGCCATTGTGGGATTTATGGCATGAACTGTCCAGAATGGTTCACTGCT
EST: gi|100446126|gb|CJ970425.1|CJ970425
EST:     ATAATGTTCTGCAAATTGGTTCAGCAATGCGATATGTGGGAGTCAATCCG                         AAAGGCCATTGTGGGATTTATGGCATGAACTGTCCAGAATGGTTCACTGCT
genomic: ATAATGTTCTGCAAATTGGTTCAGCAATGCGATATGTGGGAGTCAATCCGgtgagttgaa ... ctttgcacagAAAGGCCATTGTGGGATTTATGGCATGAACTGTCCAGAATGGTTCACTGCT
EST: gi|162151930|gb|FC328891.1|FC328891
EST:     ATAATGTTCTGCAAATTGGTTCAGCAATGCGATATGTGGGAGTCAATCCG                         AAAGGCCATTGTGGGATTTATGGCATGAACTGTCCAGAATGGTTCACTGCT
genomic: ATAATGTTCTGCAAATTGGTTCAGCAATGCGATATGTGGGAGTCAATCCGgtgagttgaa ... ctttgcacagAAAGGCCATTGTGGGATTTATGGCATGAACTGTCCAGAATGGTTCACTGCT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 33 (upstream exon), 32 (downstream exon)
Score: 5

GCTGGGGCATACGTGTGGAAATCCTATGAGCAAGTGTATGATAATGTTCTGCAAATTGGTTCAGCAATGCGATATGTGGGAGTCAATCCGgtgagttgaa ... ctttgcacagAAAGGCCATTGTGGGATTTATGGCATGAACTGTCCAGAATGGTTCACTGCTATGGAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcaacgaggtcatctctgacagatgtttgtttggtataacttgcgctttgcacagAAAGGCCATTGTGGGATTTATGGCATGAACTGTCCAGAATGGTTCACTGCTATGGAG
                                 gtataac  putative branch site (score: 5)
                                  tataactt  TA-rich tract