Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgcgatgggttgccattcgtgtaattatgcccgtgtattcatcagttgcactttgatttgaatctagcttcccatgttaagtacttatcagaatcgatggtgtatgacgttttcttttttgtatgacgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTGTGAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S454_3V6.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S454_3V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtgcgatgggttgccattcgtgtaattatgcccgtgtattcatcagttgcactttgatttgaatctagcttcccatgttaagtacttatcagaatcgatggtgtatgacgttttcttttttgtatgacgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTGTGAG
                       || || ||  ||    |  |  | ||  || | |   | ||      |  |   ||| ||| ||      ||   ||    |  |  |||  | |||  | || |      ||||||||||| || ||| | |||||  |||||||||| ||||||||||| ||||||
-----------------------aaata-gcttgtactgtt-taggatgttctct-acaagcatgctttgtttctctttatgtatttt----gatttttgtctgactaaatttgttgtttcttttgcc------agGGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162222732|gb|FC398986.1|FC398986
EST:     GAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: GAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|18332160|gb|BJ164173.1|BJ164173
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGGGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|18366824|gb|BJ198904.1|BJ198904
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTT
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTT-GAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTT
EST: gi|18349939|gb|BJ181990.1|BJ181990
EST:     CANGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTT
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGA-GTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTT
EST: gi|18364872|gb|BJ196945.1|BJ196945
EST:     ACGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGGCGTGCTACGGAG
genomic: AGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTT-GGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGG-CGTGCTACGGAG
EST: gi|18361517|gb|BJ193583.1|BJ193583
EST:     AGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTT
genomic: AGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTT-GGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTT-GAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTT
EST: gi|37827833|gb|BJ585845.1|BJ585845
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|208365648|gb|DC944118.1|DC944118
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|18355674|gb|BJ187733.1|BJ187733
EST:     AGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGNAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: AGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGC-TTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|162239611|gb|FC416867.1|FC416867
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|37846539|gb|BJ604547.1|BJ604547
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|18338770|gb|BJ170795.1|BJ170795
EST:     TCGCTGCGGTACAAAGCTTCTTGAAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: TCGCTGCGGTAC-AAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|162239612|gb|FC416868.1|FC416868
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|19790024|gb|BQ041654.1|BQ041654
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|37839859|gb|BJ597867.1|BJ597867
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|67704629|gb|BJ964862.1|BJ964862
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|37846140|gb|BJ604148.1|BJ604148
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|18328399|gb|BJ160404.1|BJ160404
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|18348535|gb|BJ180584.1|BJ180584
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGNAGTGTTGAGGTTC
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGG-AGTGTTGAGGTTC
EST: gi|37835173|gb|BJ593185.1|BJ593185
EST:     TGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGATAAGGGTTG
genomic: TGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|162234787|gb|FC409273.1|FC409273
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|37830125|gb|BJ588137.1|BJ588137
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|37832573|gb|BJ590585.1|BJ590585
EST:     CTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|18366022|gb|BJ198100.1|BJ198100
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTT
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTT-GAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTT
EST: gi|18331036|gb|BJ163042.1|BJ163042
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|18362603|gb|BJ194674.1|BJ194674
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|18361780|gb|BJ193847.1|BJ193847
EST:     AGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTTGAGGTTCATTATGGANAAGCGGTGCTA
genomic: AGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTT-GGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTT-GAGGTTCATTATGGAGA-GCGGTGCTA
EST: gi|18366162|gb|BJ198240.1|BJ198240
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTT
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTT-GAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTT
EST: gi|18363366|gb|BJ195438.1|BJ195438
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|37831537|gb|BJ589549.1|BJ589549
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|18340854|gb|BJ172885.1|BJ172885
EST:     TGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: TGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|18331691|gb|BJ163702.1|BJ163702
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|162245549|gb|FC424103.1|FC424103
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|162221281|gb|FC398091.1|FC398091
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|162267185|gb|FC442597.1|FC442597
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|162230385|gb|FC406949.1|FC406949
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|67698406|gb|BJ958639.1|BJ958639
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|18330053|gb|BJ162059.1|BJ162059
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGC
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGC
EST: gi|162222733|gb|FC398987.1|FC398987
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|18326908|gb|BJ158908.1|BJ158908
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|162274010|gb|FC450357.1|FC450357
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|162246025|gb|FC421888.1|FC421888
EST:     GTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: GTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|162274011|gb|FC450358.1|FC450358
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|208393090|gb|DC929585.1|DC929585
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|67574976|gb|BJ947800.1|BJ947800
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|18325037|gb|BJ157033.1|BJ157033
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|208355655|gb|DC929933.1|DC929933
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAANGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|100399202|gb|BY954251.1|BY954251
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|100400230|gb|BY954373.1|BY954373
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|18350200|gb|BJ182251.1|BJ182251
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|18339829|gb|BJ171856.1|BJ171856
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGNAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|37828911|gb|BJ586923.1|BJ586923
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|162242773|gb|FC416412.1|FC416412
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|162209056|gb|FC385608.1|FC385608
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|162247731|gb|FC423389.1|FC423389
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|100370712|gb|BY948478.1|BY948478
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|162245548|gb|FC424102.1|FC424102
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|18350797|gb|BJ182848.1|BJ182848
EST:     AGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGNAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGGT
genomic: AGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTT-CTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGG-AGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGG-T
EST: gi|18334880|gb|BJ166897.1|BJ166897
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|37842073|gb|BJ600081.1|BJ600081
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|162247730|gb|FC423388.1|FC423388
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|18343042|gb|BJ175079.1|BJ175079
EST:     AGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGNAGTGTTGAGGTTCATTAATGGAGAGCGGTGCTAAGGGT
genomic: AGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTT-CTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGG-AGTGTTGAGGTTCATTA-TGGAGAGCGGTGCTAAGGGT
EST: gi|162209055|gb|FC385607.1|FC385607
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|162221282|gb|FC398092.1|FC398092
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|18329924|gb|BJ161930.1|BJ161930
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|18336627|gb|BJ168650.1|BJ168650
EST:     TGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: TGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|37839226|gb|BJ597234.1|BJ597234
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|37829172|gb|BJ587184.1|BJ587184
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|18355633|gb|BJ187692.1|BJ187692
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGNAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTT
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGG-AGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTT
EST: gi|37845967|gb|BJ603975.1|BJ603975
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTNGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
EST: gi|162242772|gb|FC416411.1|FC416411
EST:     CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAG                         GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 34 (downstream exon)
Score: 73

TTGAGTTGTATGCCGAGAAGGTGAACAACAGGGGTCTGTGCGCCATTGCTCAGGCTGAGTCGCTGCGGTACAAGCTTCTTGGAGGTCTTGCTGTGCGCAGgtgcgatggg ... acgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTGTGAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtacttatcagaatcgatggtgtatgacgttttcttttttgtatgacgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTGTGAG
                             ttttcttttttgtat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgcgatgggttgccattcgtgtaattatgcccgtgtattcatcagttgcactttgatttgaatctagcttcccatgttaagtacttatcagaatcgatggtgtatgacgttttcttttttgtatgacgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTGTGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA