Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagatttcaattttataactacaagtacaataaaaattacttcactgcggatgttgactctgtctattcatccctagccgaccagcccaatgcagatattgaaacagtttctggtggatccgggtttcttttttactaaaggaggttatgatattttagttttgatgacactagtcactgttgtgttaccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S450_21V6.2
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S450_21V6.2 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 3
lower sequence: EFJ25898 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 3
gtagatttcaattttataactacaagtacaataaaaattacttcactgcggatgttgactctgtctattcatccctagccgaccagcccaatgcagatattgaaacagtttctggtggatccgggtttcttttttactaaaggag-gttatgatattttagttttgatgacactagtcactgttgtgttaccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAG
                                                                                                                    | |     |||| || ||  | | |   | |      | | ||  ||||  |    || ||| |||||   || |||||| ||||||||  |||||||||| || |||| ||||||||||||||||||| |||| ||||| || |||
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------gtaggaaagtttgttcttggccagaaaggtggctcactttctttcttttttttcttcttgtc-ctgttac-ttcccagGTTTACAAGGCTCGAGATGTTGGAGTGAACAGCGTTGTTCTCTTTCCCAAAATTCCAGACGCTCTCAAG

upper sequence: PP1S450_21V6.2 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 3
lower sequence: EFJ10919 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 3
gtagatttcaattttataactacaagtacaataaaaattacttcactgcggatgttgactctgtctattcatccctagccgaccagcccaatgcagatattgaaacagtttctggtggatccgggtttcttttttactaaaggaggttatgatattttagttttgatgacactagtcactgttgtgttaccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAG
                                                                                                                    | |     |||| || ||  ||| |  ||||       ||||  | ||       || ||| |||||   || |||||| ||||||||  |||||||||| || |||| ||||||||||||||||||| |||| ||||| || |||
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------gtaggaaagtttgttcttggctagaaaaggtggctccttttttttctt-------cttgtc-ctgttac-ttgccagGTTTACAAGGCTCGAGATGTTGGAGTGAACAGCGTTGTTCTCTTTCCCAAAATTCCAGACGCTCTCAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67719128|gb|BJ969387.1|BJ969387
EST:     CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAG                         GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
genomic: CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAGgtagatttca ... gtgttaccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
EST: gi|208362694|gb|DC931059.1|DC931059
EST:     CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAG                         GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
genomic: CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAGgtagatttca ... gtgttaccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
EST: gi|208354190|gb|DC902446.1|DC902446
EST:     CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAG                         GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
genomic: CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAGgtagatttca ... gtgttaccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
EST: gi|162234870|gb|FC410643.1|FC410643
EST:     CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAG                         GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
genomic: CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAGgtagatttca ... gtgttaccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
EST: gi|100423621|gb|BY958333.1|BY958333
EST:     CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAG                         GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
genomic: CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAGgtagatttca ... gtgttaccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
EST: gi|100386209|gb|BY987876.1|BY987876
EST:     CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAG                         GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
genomic: CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAGgtagatttca ... gtgttaccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
EST: gi|100379688|gb|BY949894.1|BY949894
EST:     CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAG                         GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
genomic: CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAGgtagatttca ... gtgttaccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
EST: gi|162163264|gb|FC339382.1|FC339382
EST:     CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAG                         GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
genomic: CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAGgtagatttca ... gtgttaccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
EST: gi|100369089|gb|BY985015.1|BY985015
EST:     CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAG                         GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
genomic: CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAGgtagatttca ... gtgttaccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
EST: gi|162218488|gb|FC395065.1|FC395065
EST:     CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAG                         GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
genomic: CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAGgtagatttca ... gtgttaccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
EST: gi|100363338|gb|BY984475.1|BY984475
EST:     CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAG                         GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
genomic: CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAGgtagatttca ... gtgttaccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
EST: gi|208400620|gb|DC904596.1|DC904596
EST:     CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAG                         GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
genomic: CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAGgtagatttca ... gtgttaccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
EST: gi|100388664|gb|BY970812.1|BY970812
EST:     CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAG                         GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAA-
genomic: CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAGgtagatttca ... gtgttaccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
EST: gi|100370598|gb|BY948423.1|BY948423
EST:     CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAG                         GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
genomic: CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAGgtagatttca ... gtgttaccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
EST: gi|208344405|gb|DC912764.1|DC912764
EST:     CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAG                         GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
genomic: CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAGgtagatttca ... gtgttaccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
EST: gi|100436499|gb|BY961248.1|BY961248
EST:     CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAG                         GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAN
genomic: CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAGgtagatttca ... gtgttaccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
EST: gi|162268623|gb|FC443677.1|FC443677
EST:     CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAG                         GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
genomic: CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAGgtagatttca ... gtgttaccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
EST: gi|162227018|gb|FC403362.1|FC403362
EST:     CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAG                         GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
genomic: CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAGgtagatttca ... gtgttaccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
EST: gi|162265941|gb|FC442944.1|FC442944
EST:     CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAG                         GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
genomic: CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAGgtagatttca ... gtgttaccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
EST: gi|100357521|gb|BY946437.1|BY946437
EST:     CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAG                         GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
genomic: CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAGgtagatttca ... gtgttaccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
EST: gi|162176323|gb|FC353508.1|FC353508
EST:     CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAG                         GTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA
genomic: CAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAGgtagatttca ... gtgttaccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 27 (upstream exon), 20 (downstream exon)
Score: 3

GAGAACAGAATGCACCGATTGGGGCAATGCCAGGTTGCCAGCGCCTTGGATGGCGTCATGGGCTCATTGATGAGgtagatttca ... gtgttaccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaaggaggttatgatattttagttttgatgacactagtcactgttgtgttaccagGTGTACAAGGCAAGAGATGTTGGTGTTAACAACGTTGTTCTCTTTCCCAAAGTTCCCGACGCGCTTAAG
        ttatgatattttagtt  TA-rich tract