Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtcatactctcgccttccctctgttgctctcctcgatgcctgcaacaaccgattcaccctttcgcacttgcacttgcatcgtgggaattatgttcgatgagatcggtggcttgaaacgtatccgtccgttgttgagcacatccggtggcctgtagttgatggtgttgagacttgtgtgacctcagATGATGATGCTTATTGGGCGTATTTTGACGGACGGTCGTATGAGCGCTCGAATCAAGTATGACTTCACCGATAGATTTTCAGTAAAAGTGAACGCGCAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S367_8V6.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208398286|gb|DC912299.1|DC912299
EST:     AAGTTCCAGCGGCTNATTATGANTTCGGAGCAAANCTTATCGACCAACGG                         ATGATGATGCTTATTGGGNGTATTTTGACGGACGGTCGTATGAGCGCTCGA
genomic: AAGTTCCAGCGGCTCATTATGAGTTCGGAGCAAACCTTATCGACCAACGGgtcatactct ... gtgacctcagATGATGATGCTTATTGGGCGTATTTTGACGGACGGTCGTATGAGCGCTCGA
EST: gi|208360525|gb|DC950071.1|DC950071
EST:     CGGAGCAAACCTTATCGACCAACNG                         ATGATGATGCTTA-TNGGCGTATTTTGACGGACNGTCGTATGAGCGCTCGA
genomic: CGGAGCAAACCTTATCGACCAACGGgtcatactct ... gtgacctcagATGATGATGCTTATTGGGCGTATTTTGACGGACGGTCGTATGAGCGCTCGA
EST: gi|18366481|gb|BJ198560.1|BJ198560
EST:     AAGTTCCAGCGGCTCATTATGAGTTCGGAGCAAACCTTATCGACCAACGG                         ATGATGATGCTTATTGGGCGTATTTTGACGGACGGTCGTATGAGCGCTCGA
genomic: AAGTTCCAGCGGCTCATTATGAGTTCGGAGCAAACCTTATCGACCAACGGgtcatactct ... gtgacctcagATGATGATGCTTATTGGGCGTATTTTGACGGACGGTCGTATGAGCGCTCGA
EST: gi|100390127|gb|BY989207.1|BY989207
EST:     AAGTTCCAGCGGCTCATTATGAGTTCGGAGCANACCTTATCGACCAACGG                         ATGATGATGCTTATTGGGCGTATTTTGACGGACGGTCGTATGAGCGCTCGA
genomic: AAGTTCCAGCGGCTCATTATGAGTTCGGAGCAAACCTTATCGACCAACGGgtcatactct ... gtgacctcagATGATGATGCTTATTGGGCGTATTTTGACGGACGGTCGTATGAGCGCTCGA
EST: gi|67575990|gb|BJ948814.1|BJ948814
EST:     AAGTTCCAGCGGCTCATTATGAGTTCGGAGCAAACCTTATCGACCAACGG                         ATGATGATGCTTATTGGGCGTATTTTGACGGACGGTCGTATGAGCGCTCGA
genomic: AAGTTCCAGCGGCTCATTATGAGTTCGGAGCAAACCTTATCGACCAACGGgtcatactct ... gtgacctcagATGATGATGCTTATTGGGCGTATTTTGACGGACGGTCGTATGAGCGCTCGA
EST: gi|67717560|gb|BJ967819.1|BJ967819
EST:     AAGTTCCAGCGGCTCATTATGAGTTCGGAGCAAACCTTATCGACCAACGG                         ATGATGATGCTTATTGGGCGTATTTTGACGGACGGTCGTATGAGCGCTCGA
genomic: AAGTTCCAGCGGCTCATTATGAGTTCGGAGCAAACCTTATCGACCAACGGgtcatactct ... gtgacctcagATGATGATGCTTATTGGGCGTATTTTGACGGACGGTCGTATGAGCGCTCGA
EST: gi|67716961|gb|BJ967220.1|BJ967220
EST:     AAGTTCCAGCGGCTCATTATGAGTTCGGAGCAAACCTTATCGACCAACGG                         ATGATGATGCTTATTGGGCGTATTTTGACGGACGGTCGTATGAGCGCTCGA
genomic: AAGTTCCAGCGGCTCATTATGAGTTCGGAGCAAACCTTATCGACCAACGGgtcatactct ... gtgacctcagATGATGATGCTTATTGGGCGTATTTTGACGGACGGTCGTATGAGCGCTCGA
EST: gi|162242296|gb|FC418873.1|FC418873
EST:     AAGTTCCAGCGGCTCATTATGAGTTCGGAGCAAACCTTATCGACCAACGG                         ATGATGATGCTTATTGGGCGTATTTTGACGGACGGTCGTATGAGCGCTCGA
genomic: AAGTTCCAGCGGCTCATTATGAGTTCGGAGCAAACCTTATCGACCAACGGgtcatactct ... gtgacctcagATGATGATGCTTATTGGGCGTATTTTGACGGACGGTCGTATGAGCGCTCGA
EST: gi|208357650|gb|DC934116.1|DC934116
EST:     AAGTTCCAGCGGCTCATTATGAGTTCGGAGCAAACCTTATCGACCAACGG                         ATGATGATGCTTATTGGGCGTATTTTGACGGACGGTCGTATGAGCGCTCGA
genomic: AAGTTCCAGCGGCTCATTATGAGTTCGGAGCAAACCTTATCGACCAACGGgtcatactct ... gtgacctcagATGATGATGCTTATTGGGCGTATTTTGACGGACGGTCGTATGAGCGCTCGA
EST: gi|18342298|gb|BJ174333.1|BJ174333
EST:     AAGTTCCAGCGGCTCATTATGAGTTCGGAGCAAACCTTATCGACCAACGG                         ATGATGATGCTTATTGGGCGTATTT
genomic: AAGTTCCAGCGGCTCATTATGAGTTCGGAGCAAACCTTATCGACCAACGGgtcatactct ... gtgacctcagATGATGATGCTTATTGGGCGTATTT
EST: gi|208344796|gb|DC912630.1|DC912630
EST:     AAGTTCCAGCGGCTCATTATGAGTTCGGAGCAAACCTTATCGACCAACGG                         ATGATGATGCTTATTGGGCGTATTTTGACGGACGGTCGTATGAGCGCTCGA
genomic: AAGTTCCAGCGGCTCATTATGAGTTCGGAGCAAACCTTATCGACCAACGGgtcatactct ... gtgacctcagATGATGATGCTTATTGGGCGTATTTTGACGGACGGTCGTATGAGCGCTCGA
EST: gi|208348734|gb|DC926409.1|DC926409
EST:     GCTCANTATGAGTTCGGAGC-AANCNTATCGACCAACGG                         ATGATGATGCTTATT-GGCGTA-TTTGACNGACGGTCGTATGAGCGCTCGA
genomic: GCTCATTATGAGTTCGGAGCAAACCTTATCGACCAACGGgtcatactct ... gtgacctcagATGATGATGCTTATTGGGCGTATTTTGACGGACGGTCGTATGAGCGCTCGA
EST: gi|208374571|gb|DC940760.1|DC940760
EST:     AAGTTCCAGCGGCTCATCATGAGTTCGGAGCAAACCTTATCGACCAACGG                         ATGATGATGCTTATTGGGCGTATTTTGACGGACGGTCGTATGAGCGCTCGA
genomic: AAGTTCCAGCGGCTCATTATGAGTTCGGAGCAAACCTTATCGACCAACGGgtcatactct ... gtgacctcagATGATGATGCTTATTGGGCGTATTTTGACGGACGGTCGTATGAGCGCTCGA
EST: gi|100413081|gb|BY992578.1|BY992578
EST:     AAGTTCCAGCGGCTCATTATGAGTTCGGAGCAAACCTTATCGACCAACGG                         ATGATGATGCTTATTGGGCGTATTTTGACGGACGGTCGTATGAGCGCTCGA
genomic: AAGTTCCAGCGGCTCATTATGAGTTCGGAGCAAACCTTATCGACCAACGGgtcatactct ... gtgacctcagATGATGATGCTTATTGGGCGTATTTTGACGGACGGTCGTATGAGCGCTCGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttgagcacatccggtggcctgtagttgatggtgttgagacttgtgtgacctcagATGATGATGCTTATTGGGCGTATTTTGACGGACGGTCGTATGAGCGCTCGAATCAAGTATGACTTCACCGATAGATTTTCAGTAAAAGTGAACGCGCAG
                       agttgat  putative branch site (score: 5)