1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtaagtacaactgttctaccacaactgtaatgacgacatcgcgatcgagtttcattatccactgtctggatctttcaaaaaataatttgatctgtggtaaggtgggtttcttgtttgatttcatttccaagttcgattcaaataattcgattcgacccatggtggttttggtgttcggcagTTGGAAAGTCATCTATTGTTATGGACGTGAAGCCATGGGATGATGAAACGGATATGGTGAAGTTGGAGGAGTGTGTCCGTGCCGTTCAAATGGAGGGACT
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S333_26V6.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCGCGTGAGGAGGCTGCAAAGAAGGCTAAGGGTGCGAAGCCCAAAGTTG TTGGAAAGTCATCTATTGTTATGGACGTGAAGCCATGGGATGATGAAACGGEST: gi|67572728|gb|BJ945552.1|BJ945552
genomic: TGCGCGTGAGGAGGCTGCAAAGAAGGCTAAGGGTGCGAAGCCCAAAGTTGgtaagtacaa ... tgttcggcagTTGGAAAGTCATCTATTGTTATGGACGTGAAGCCATGGGATGATGAAACGG
EST: TGCGCGTGAGGAGGCTGCAAAGAAGGCTAAGGGTGCGAAGCCCAAAGTTG TTGGAAAGTCATCTATTGTTATGGACGTGAAGCCATGGGATGATGAAACGG
genomic: TGCGCGTGAGGAGGCTGCAAAGAAGGCTAAGGGTGCGAAGCCCAAAGTTGgtaagtacaa ... tgttcggcagTTGGAAAGTCATCTATTGTTATGGACGTGAAGCCATGGGATGATGAAACGG
ccaagttcgattcaaataattcgattcgacccatggtggttttggtgttcggcagTTGGAAAGTCATCTATTGTTATGGACGTGAAGCCATGGGATGATGAAACGGATATGGTGAAGTTGGAGGAGTGTGTCCGTGCCGTTCAAATGGAGGGACT
attcaaataatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagtacaactgttctaccacaactgtaatgacgacatcgcgatcgagtttcattatccactgtctggatctttcaaaaaataatttgatctgtggtaaggtgggtttcttgtttgatttcatttccaagttcgattcaaataattcgattcgacccatggtggttttggtgttcggcagTTGGAAAGTCATCTATTGTTATGGACGTGAAGCCATGGGATGATGAAACGGATATGGTGAAGTTGGAGGAGTGTGTCCGTGCCGTTCAAATGGAGGGACT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG