1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtttggtgtttttattgattctattggctcacagttgctttgtgcatcataaatttctttcgagaattctagcaaggcttttcatgtcgcatttgacatgaagaacagtgtgcaatattaatcgagtttctgttgaacagGGTGATTATGAATGCGGTGGACAGAATCGACTCTGATGAGGAGCTCCTGGATAATCAGGACCGCATAATTGGGGCATTGCAAATCGGAGTGATCGGCTGT
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S286_16V6.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGAAGCTCCTTCGTTTCTCGTTGTGATGGGCTTGCTCTAAATCATGGAAG GGTGATTATGAATGCGGTGGACAGAATCGACTCTGATGAGGAGCTCCTGGAEST: gi|208375555|gb|DC940525.1|DC940525
genomic: CGAAGCTCCTTCGTTTCTCGTTGTGATGGGCTTGCTCTAAATCATGGAAGgtttggtgtt ... tgttgaacagGGTGATTATGAATGCGGTGGACAGAATCGACTCTGATGAGGAGCTCCTGGA
EST: CGAAGCTCCTTCGTTTCTCGTTGTGATGGGCTTGCTCTAANTCATGGAAG GGTGATTATGAATGCGGTGGACAGAATCGACTCTGATGAGGAGCTCCTGGAEST: gi|100438348|gb|BY979912.1|BY979912
genomic: CGAAGCTCCTTCGTTTCTCGTTGTGATGGGCTTGCTCTAAATCATGGAAGgtttggtgtt ... tgttgaacagGGTGATTATGAATGCGGTGGACAGAATCGACTCTGATGAGGAGCTCCTGGA
EST: CGAAGCTCCTTCGTTTCTCGTTGTGATGGGCTTGCTCTAAATCATGGAAG GGTGATTATGAATGCGGTGGACAGAATCGACTCTGATGAGGAGCTCCTGGA
genomic: CGAAGCTCCTTCGTTTCTCGTTGTGATGGGCTTGCTCTAAATCATGGAAGgtttggtgtt ... tgttgaacagGGTGATTATGAATGCGGTGGACAGAATCGACTCTGATGAGGAGCTCCTGGA
gtcgcatttgacatgaagaacagtgtgcaatattaatcgagtttctgttgaacagGGTGATTATGAATGCGGTGGACAGAATCGACTCTGATGAGGAGCTCCTGGATAATCAGGACCGCATAATTGGGGCATTGCAAATCGGAGTGATCGGCTGT
tattaat putative branch site (score: 2)
tttctgtt putative PPT
aatattaat TA-rich tract