Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatttataaggcgcaggtttctacccacatggatgtacgagtatttctttgcagatcgcggggcgatctttcagtttagtcatccttgtgtcctagggcacgattttgaatggttacactgaaacgtcagttgggtggccgattcagGTGTTGCCTTATGATTTGTTGATGCAACAATTGGATATTTCCAATGTTCGGGAGCTTGAAGACTTACTTATCAACGACTGCATGTACTCT

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S271_80V6.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162245043|gb|FC421569.1|FC421569
EST:     AACTGAAGTTGAAGCAGCTGACTGTAATGACTTTGGCAGAAACAGCCAAG                         GTGTTGCCTTATGATTTGTTGATGCAACAATTGGATATTTCCAATGTTCGA
genomic: AACTGAAGTTGAAGCAGCTGACTGTAATGACTTTGGCAGAAACAGCCAAGgtatttataa ... gccgattcagGTGTTGCCTTATGATTTGTTGATGCAACAATTGGATATTTCCAATGTTCGG
EST: gi|162183314|gb|FC359229.1|FC359229
EST:     CTTTGGCAGAAACAGCCAAG                         GTGTTGCCTTATGATTTGTTGATGCAACAATTGGATATTTCCAATGTTCGA
genomic: CTTTGGCAGAAACAGCCAAGgtatttataa ... gccgattcagGTGTTGCCTTATGATTTGTTGATGCAACAATTGGATATTTCCAATGTTCGG
EST: gi|208357665|gb|DC934117.1|DC934117
EST:     AACTGAAGTTGAAGCAGCTGACTGTAATGACTTTGGCAGAAACAGCCAAG                         GTGTTGCCTTATGATTTGTTGATGCAACAATTGGATATTTCCAATGTTCGG
genomic: AACTGAAGTTGAAGCAGCTGACTGTAATGACTTTGGCAGAAACAGCCAAGgtatttataa ... gccgattcagGTGTTGCCTTATGATTTGTTGATGCAACAATTGGATATTTCCAATGTTCGG
EST: gi|18330929|gb|BJ162935.1|BJ162935
EST:     AACTGAAGTTGAAGCAGCTGACTGTAATGACTTTGGCAGAAACAGCCAAG                         GTGTTGCCTTATGATTTGTTGATGCAACAATTGGATATTTCCAATGTTCGG
genomic: AACTGAAGTTGAAGCAGCTGACTGTAATGACTTTGGCAGAAACAGCCAAGgtatttataa ... gccgattcagGTGTTGCCTTATGATTTGTTGATGCAACAATTGGATATTTCCAATGTTCGG
EST: gi|18368238|gb|BJ200323.1|BJ200323
EST:     AACTGAAGTTGAAGCAGCTGACTGTAATGACTTTGGCAGAAACAGCCAAG                         GTGTTGCCTTATGATTTGTTGATGCAACAATTGGATATTTCCAATGTTCGG
genomic: AACTGAAGTTGAAGCAGCTGACTGTAATGACTTTGGCAGAAACAGCCAAGgtatttataa ... gccgattcagGTGTTGCCTTATGATTTGTTGATGCAACAATTGGATATTTCCAATGTTCGG
EST: gi|18350728|gb|BJ182779.1|BJ182779
EST:     AACTGAAGTTGAAGCAGCTGACTGTAATGACTTTGGCAGAAACAGCCAAG                         GTGTTGCCTTATGATTTGTTGATGCAACAATTGGATATTTCC
genomic: AACTGAAGTTGAAGCAGCTGACTGTAATGACTTTGGCAGAAACAGCCAAGgtatttataa ... gccgattcagGTGTTGCCTTATGATTTGTTGATGCAACAATTGGATATTTCC
EST: gi|100452982|gb|CJ975541.1|CJ975541
EST:     AACTGAAGTTGAAGCAGCTGACTGTAATGACTTTGGCAGAAACAGCCAAG                         GTGTTGCCTTATGATTTGTTGATGCAACAATTGGATATTTCCAATGTTCGG
genomic: AACTGAAGTTGAAGCAGCTGACTGTAATGACTTTGGCAGAAACAGCCAAGgtatttataa ... gccgattcagGTGTTGCCTTATGATTTGTTGATGCAACAATTGGATATTTCCAATGTTCGG
EST: gi|162245042|gb|FC421568.1|FC421568
EST:     AACTGAAGTTGAAGCAGCTGACTGTAATGACTTTGGCAGAAACAGCCAAG                         GTGTTGCCTTATGATTTGTTGATGCAACAATTGGATATTTCCAATGTTCGA
genomic: AACTGAAGTTGAAGCAGCTGACTGTAATGACTTTGGCAGAAACAGCCAAGgtatttataa ... gccgattcagGTGTTGCCTTATGATTTGTTGATGCAACAATTGGATATTTCCAATGTTCGG
EST: gi|162266011|gb|FC442696.1|FC442696
EST:     AACTGAAGTTGAAGCAGCTGACTGTAATGACTTTGGCAGAAACAGCCAAG                         GTGTTGCCTTATGATTTGTTGATGCAACAATTGGATATTTCCAATGTTCGG
genomic: AACTGAAGTTGAAGCAGCTGACTGTAATGACTTTGGCAGAAACAGCCAAGgtatttataa ... gccgattcagGTGTTGCCTTATGATTTGTTGATGCAACAATTGGATATTTCCAATGTTCGG
EST: gi|208352193|gb|DC901714.1|DC901714
EST:     AACTGAAGTTGAAGCAGCTGACTGTAATGACTTTGGCAGAAACAGCCAAG                         GTGTTGCCTTATGATTTGTTGATGCAACAATTGGATATTTCCAATGTTCGG
genomic: AACTGAAGTTGAAGCAGCTGACTGTAATGACTTTGGCAGAAACAGCCAAGgtatttataa ... gccgattcagGTGTTGCCTTATGATTTGTTGATGCAACAATTGGATATTTCCAATGTTCGG
EST: gi|208367659|gb|DC947365.1|DC947365
EST:     GCTGACTGTNATGAC-TTGGCAGAAACAGCCAAG                         GTGTT-CCNTTATGATTTGTTGATGCAACAATTGGATATTTCCAATGTTCG
genomic: GCTGACTGTAATGACTTTGGCAGAAACAGCCAAGgtatttataa ... gccgattcagGTGTTGCC-TTATGATTTGTTGATGCAACAATTGGATATTTCCAATGTTCG
EST: gi|162183315|gb|FC359230.1|FC359230
EST:     AACTGAAGTTGAAGCAGCTGACTGTAATGACTTTGGCAGAAACAGCCAAG                         GTGTTGCCTTATGATTTGTTGATGCAACAATTGGATATTTCCAATGTTCGA
genomic: AACTGAAGTTGAAGCAGCTGACTGTAATGACTTTGGCAGAAACAGCCAAGgtatttataa ... gccgattcagGTGTTGCCTTATGATTTGTTGATGCAACAATTGGATATTTCCAATGTTCGG
EST: gi|100439177|gb|BY980132.1|BY980132
EST:     AACTGAAGTTGAAGCAGCTGACTGTAATGACTTTGGCAGAAACAGCCAAG                         GTGTTGCCTTATGATTTGTTGATGCAACAATTGGATATTTCCAATGTTCGG
genomic: AACTGAAGTTGAAGCAGCTGACTGTAATGACTTTGGCAGAAACAGCCAAGgtatttataa ... gccgattcagGTGTTGCCTTATGATTTGTTGATGCAACAATTGGATATTTCCAATGTTCGG
EST: gi|162204856|gb|FC381187.1|FC381187
EST:     AACTGAAGTTGAAGCAGCTGACTGTAATGACTTTGGCAGAAACAGCCAAG                         GTGTTGCCTTATGATTTGTTGATGCAACAATTGGATATTTCCAATGTTCGA
genomic: AACTGAAGTTGAAGCAGCTGACTGTAATGACTTTGGCAGAAACAGCCAAGgtatttataa ... gccgattcagGTGTTGCCTTATGATTTGTTGATGCAACAATTGGATATTTCCAATGTTCGG
EST: gi|22492731|gb|BU052654.1|BU052654
EST:     AACTGAAGTTGAAGCAGCTGACTGTAATGACTTTGGCAGAAACAGCCAAG                         GTGTTGCCTTATGATTTGTTGATGCAACAATTGGATATTTCCAATGTTCGG
genomic: AACTGAAGTTGAAGCAGCTGACTGTAATGACTTTGGCAGAAACAGCCAAGgtatttataa ... gccgattcagGTGTTGCCTTATGATTTGTTGATGCAACAATTGGATATTTCCAATGTTCGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctagggcacgattttgaatggttacactgaaacgtcagttgggtggccgattcagGTGTTGCCTTATGATTTGTTGATGCAACAATTGGATATTTCCAATGTTCGGGAGCTTGAAGACTTACTTATCAACGACTGCATGTACTCT
          attttgaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatttataaggcgcaggtttctacccacatggatgtacgagtatttctttgcagatcgcggggcgatctttcagtttagtcatccttgtgtcctagggcacgattttgaatggttacactgaaacgtcagttgggtggccgattcagGTGTTGCCTTATGATTTGTTGATGCAACAATTGGATATTTCCAATGTTCGGGAGCTTGAAGACTTACTTATCAACGACTGCATGTACTCT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA