Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtaacgcgggtcttgtatttcttaaaagttgttcaatatggcaagataataccccggtatgattgaactgaatgttgataaactgtcaaatcgggaaacctactttctgattttggaaacgggacaatcagcggtgtatgaaccatggcaactttcatgagccacattgttttaatcactttgcagGTTGTTTTCTGGAAATGGGTTACATCAAGTTTGCTAGGGCTTGTCACACAGACAGCGGTGTATCACTGGTCAATAGAAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S270_53V6.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S270_53V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 3
lower sequence: EFJ13237 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 3
gtatgtaacgcgggtcttgtatttcttaaaagttgttcaatatggcaagataataccccggtatgattgaactgaatgttgataaactgtcaaatcgggaaacctactttctgattttggaaacgggacaatcagcggtgtatgaaccatggcaactttcatgagccacattgttttaatcactttgcagGTTGTTTTCTGGAAATGGGTTACATCAAGTTTGCTAGGGCTTGTCACACAGACAGCGGTGTATCACTGGTCAATAGAAG
                                                                                                                                 ||||   ||||  |  ||  ||||   |||  || | |   || ||||   | ||| | |||| ||||||||||||||| | || ||||   |||| ||||||||||| |||  ||| || ||||||||||| |||||||
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------gtaatcg--ggtgatttcac--tggctg-tttggtgtgacgtcttctttt--ccgcttggaagGTGGTTTTCTGGAAATGGATAACTTCAAAGATGCTTGGGCTTGTCACGCAGCAAGCCGTCTATCACTGGTCTATAGAAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cggtgtatgaaccatggcaactttcatgagccacattgttttaatcactttgcagGTTGTTTTCTGGAAATGGGTTACATCAAGTTTGCTAGGGCTTGTCACACAGACAGCGGTGTATCACTGGTCAATAGAAG
                                      ttttaat  putative branch site (score: 3)
                                            tcacttt  CT-rich tract
                                  attgttttaat  TA-rich tract