1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtaagttccatctgcatatccatcctcttctttctcgaagttaatgcttgttgcagtgcagtgtttgcgacaatgttgttctgtatgtttccaggaattttgatgtaatacaagatctattcaaggtatgtgttgtctctatattgcttttttcttcaatctcaaggctattgtatgaacagGTGCTCAGAAGTTCAAGGACGTTTACGAGAGTGCTCAAGAAAGGGTATCGGGGAAGTCAGAGGAGAAGGACGAGGAGGCTGATAGTGCAGCCGACTTGCT
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S25_241V6.2 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGTGAGCTGAAGGAGGAACTTTTCTGCATGCGGTTTGGAAGTGTTGAAA GTGCTCANAAGTTCAAGGACGTTTACGANAGTGCTCAAGAAAGGGTATCGGEST: gi|100372768|gb|BY948694.1|BY948694
genomic: TGGTGAGCTGAAGGAGGAACTTTTCTGCATGCGGTTTGGAAGTGTTGAAAgtaagttcca ... gtatgaacagGTGCTCAGAAGTTCAAGGACGTTTACGAGAGTGCTCAAGAAAGGGTATCGG
EST: TGGTGAGCTGAAGGAGGAACTTTTCTGCATGCGGTTTGGAAGTGTTGNAA GTGCTCAGAAGTTTCA-GGACGTTTACGAGAGTGCTCAAGAAAGGGTATCGEST: gi|162211496|gb|FC387368.1|FC387368
genomic: TGGTGAGCTGAAGGAGGAACTTTTCTGCATGCGGTTTGGAAGTGTTGAAAgtaagttcca ... gtatgaacagGTGCTCAGAAGTT-CAAGGACGTTTACGAGAGTGCTCAAGAAAGGGTATCG
EST: TGGTGAGCTGAAGGAGGAACTTTTCTGCATGCGGTTTGGAAGTGTTGAAA GTGCTCAGAAGTTCAAGGACGTTTACGAGAGTGCTCAAGAAAGGGTATCGG
genomic: TGGTGAGCTGAAGGAGGAACTTTTCTGCATGCGGTTTGGAAGTGTTGAAAgtaagttcca ... gtatgaacagGTGCTCAGAAGTTCAAGGACGTTTACGAGAGTGCTCAAGAAAGGGTATCGG
atgtgttgtctctatattgcttttttcttcaatctcaaggctattgtatgaacagGTGCTCAGAAGTTCAAGGACGTTTACGAGAGTGCTCAAGAAAGGGTATCGGGGAAGTCAGAGGAGAAGGACGAGGAGGCTGATAGTGCAGCCGACTTGCT
tatattgctttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagttccatctgcatatccatcctcttctttctcgaagttaatgcttgttgcagtgcagtgtttgcgacaatgttgttctgtatgtttccaggaattttgatgtaatacaagatctattcaaggtatgtgttgtctctatattgcttttttcttcaatctcaaggctattgtatgaacagGTGCTCAGAAGTTCAAGGACGTTTACGAGAGTGCTCAAGAAAGGGTATCGGGGAAGTCAGAGGAGAAGGACGAGGAGGCTGATAGTGCAGCCGACTTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT