1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtatgtgcttattcagtgtcattgaatggtctcgtctgcgaaacatctgatttgattaatttgcattttacaaggtcatgaattacctgtttatggaattgggtattaattgtttgtagatatttttgaatttttttatcagGTGCCTTAAGTATGGACAATGGGAGTAATCACTCTAGTGGAGAAATCAAGCCTGATGGTCTTTCTGGAGAATCTATGGAATTTAATGCTGATGGAGGCAG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S249_84V6.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGACATGCACATACCCTCGCCTTTGTCAAATCGAATTCCAAGATTAGAAG GTGCCTTAAGTATGGACAATGGGAGTAATCACTCTAGTGGAGAAATCAAGCEST: gi|37824451|gb|BJ582517.1|BJ582517
genomic: TGACATGCACATACCCTCGCCTTTGTCAAATCGAATTCCAAGATTAGAAGgtatgtgctt ... tttttatcagGTGCCTTAAGTATGGACAATGGGAGTAATCACTCTAGTGGAGAAATCAAGC
EST: TGACATGCACATACCCTCGCCTTTGTCAAATCGAATTCCAAGATTAGAAG GTGCCTTAAGTATGGACAATGGGAGTAATCACTCTAGTGGAGAAATCAAGCEST: gi|162165161|gb|FC341156.1|FC341156
genomic: TGACATGCACATACCCTCGCCTTTGTCAAATCGAATTCCAAGATTAGAAGgtatgtgctt ... tttttatcagGTGCCTTAAGTATGGACAATGGGAGTAATCACTCTAGTGGAGAAATCAAGC
EST: TGACATGCACATACCCTCGCCTTTGTCAAATCGAATTCCAAGATTAGAAG GTGCCTTAAGTATGGACAATGGGAGTAATCACTCTAGTGGAGAAATCAAGCEST: gi|208362428|gb|DC943711.1|DC943711
genomic: TGACATGCACATACCCTCGCCTTTGTCAAATCGAATTCCAAGATTAGAAGgtatgtgctt ... tttttatcagGTGCCTTAAGTATGGACAATGGGAGTAATCACTCTAGTGGAGAAATCAAGC
EST: TGACATGCACATACCCTCGCCTTTGTCAAATCGAATTCCAAGATTAGAAG NTGCCTTAAGTATGGACAATGGGAGTAATCACTCTAGTGGAGAAATCAAGCEST: gi|208389330|gb|DC953168.1|DC953168
genomic: TGACATGCACATACCCTCGCCTTTGTCAAATCGAATTCCAAGATTAGAAGgtatgtgctt ... tttttatcagGTGCCTTAAGTATGGACAATGGGAGTAATCACTCTAGTGGAGAAATCAAGC
EST: TGACATGCACATACCCTCGCC-TTGTC-AATCGAATTCCAAGATTAGAAG GTGCCTTAAGTATGGACAATGGGAGTAATCACTCTAGTGGAGAAATCAAGCEST: gi|208373061|gb|DC948826.1|DC948826
genomic: TGACATGCACATACCCTCGCCTTTGTCAAATCGAATTCCAAGATTAGAAGgtatgtgctt ... tttttatcagGTGCCTTAAGTATGGACAATGGGAGTAATCACTCTAGTGGAGAAATCAAGC
EST: CAAGATTAGAAG GTGCCTTAAGTATGGACAATGGGAGTAATCACTCTAGTGGAGAAATCAAGC
genomic: CAAGATTAGAAGgtatgtgctt ... tttttatcagGTGCCTTAAGTATGGACAATGGGAGTAATCACTCTAGTGGAGAAATCAAGC
tgtttatggaattgggtattaattgtttgtagatatttttgaatttttttatcagGTGCCTTAAGTATGGACAATGGGAGTAATCACTCTAGTGGAGAAATCAAGCCTGATGGTCTTTCTGGAGAATCTATGGAATTTAATGCTGATGGAGGCAG
tattaat putative branch site (score: 2)
tttttttatc putative PPT
tattaattgtttgtag TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgtgcttattcagtgtcattgaatggtctcgtctgcgaaacatctgatttgattaatttgcattttacaaggtcatgaattacctgtttatggaattgggtattaattgtttgtagatatttttgaatttttttatcagGTGCCTTAAGTATGGACAATGGGAGTAATCACTCTAGTGGAGAAATCAAGCCTGATGGTCTTTCTGGAGAATCTATGGAATTTAATGCTGATGGAGGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG