Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgaactgggcatggatgtgacatgtgtttgtgggcacaaaagtgattccttcaaattttgtgtcttgtaatggttttgaatgttcgcaacaaaccgagatgaaagtttccttcaagttttagtagcgtatattcgagtcacagcgacggttttttaattttcgttgtctctcgcagTTTATGATGGCAAATGGCACCCTTGTGAGAGTTCTCATCCACACGGATGTCACAAAATACCTACTGTTTAAGGCTGTGGACGGCAGCTACGTCTATAAGC

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S20_16V6.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100422189|gb|BY957901.1|BY957901
EST:     CAGCCTTCCTGGGGTCAAGCAAGGAGTATAATGTGGACATGGTCCCCAAG                         TTTATGATGGCAAATGGCACCCTTGTGAGAGTTCTCATCCACACGGATGTC
genomic: CAGCCTTCCTGGGGTCAAGCAAGGAGTATAATGTGGACATGGTCCCCAAGgtgaactggg ... tctctcgcagTTTATGATGGCAAATGGCACCCTTGTGAGAGTTCTCATCCACACGGATGTC
EST: gi|162196487|gb|FC375440.1|FC375440
EST:     CAGCCTTCCTGGGGTCAAGCAAGGAGTATAATGTGGACATGGTCCCCAAG                         TTTATGATGGCAAATGGCACCCTTGTGAGAGTTCTCATCCACACGGATGTC
genomic: CAGCCTTCCTGGGGTCAAGCAAGGAGTATAATGTGGACATGGTCCCCAAGgtgaactggg ... tctctcgcagTTTATGATGGCAAATGGCACCCTTGTGAGAGTTCTCATCCACACGGATGTC
EST: gi|100423739|gb|BY976524.1|BY976524
EST:     CAGCCTTCCTGGGGTCAAGCAAGGAGTATAATGTGGACATGGTCCCCAAG                         TTTATGATGGCAAATGGCACCCTTGTGAGAGTTCTCATCCACACGGATGTC
genomic: CAGCCTTCCTGGGGTCAAGCAAGGAGTATAATGTGGACATGGTCCCCAAGgtgaactggg ... tctctcgcagTTTATGATGGCAAATGGCACCCTTGTGAGAGTTCTCATCCACACGGATGTC
EST: gi|162180984|gb|FC358638.1|FC358638
EST:     CAGCCTTCCTGGGGTCAAGCAAGGAGTATAATGTGGACATGGTCCCCAAG                         TTTATGATGGCAAATGGCACCCTTGTGAGAGTTCTCATCCACACGGATGTC
genomic: CAGCCTTCCTGGGGTCAAGCAAGGAGTATAATGTGGACATGGTCCCCAAGgtgaactggg ... tctctcgcagTTTATGATGGCAAATGGCACCCTTGTGAGAGTTCTCATCCACACGGATGTC
EST: gi|100352808|gb|BY945459.1|BY945459
EST:     CAGCCTTCCTGGGGTCAAGCAAGGAGTATAATGTGGACATGGTCCCCAAG                         TTTATGATGGCAAATGGCACCCTTGTGAGAGTTCTCATCCACACGGATGTC
genomic: CAGCCTTCCTGGGGTCAAGCAAGGAGTATAATGTGGACATGGTCCCCAAGgtgaactggg ... tctctcgcagTTTATGATGGCAAATGGCACCCTTGTGAGAGTTCTCATCCACACGGATGTC
EST: gi|162187203|gb|FC363153.1|FC363153
EST:     CAGCCTTCCTGGGGTCAAGCAAGGAGTATAATGTGGACATGGTCCCCAAG                         TTTATGATGGCAAATGGCACCCTTGTGAGAGTTCTCATCCACACGGATGTC
genomic: CAGCCTTCCTGGGGTCAAGCAAGGAGTATAATGTGGACATGGTCCCCAAGgtgaactggg ... tctctcgcagTTTATGATGGCAAATGGCACCCTTGTGAGAGTTCTCATCCACACGGATGTC
EST: gi|162229881|gb|FC404334.1|FC404334
EST:     CAGCCTTCCTGGGGTCAAGCAAGGAGTATAATGTGGACATGGTCCCCAAG                         TTTATGATGGCAAATGGCACCCTTGTGAGAGTTCTCATCCACACGGATGTC
genomic: CAGCCTTCCTGGGGTCAAGCAAGGAGTATAATGTGGACATGGTCCCCAAGgtgaactggg ... tctctcgcagTTTATGATGGCAAATGGCACCCTTGTGAGAGTTCTCATCCACACGGATGTC
EST: gi|208387306|gb|DC933057.1|DC933057
EST:     CAGCCTTCCTGGGGTCAAGCAAGGAGTATAATGTGGACATGGTCCCCAAG                         TTTATGATGGCAAATGGCACCCTTGTGAGAGTTCTCATCCACACGGATGTC
genomic: CAGCCTTCCTGGGGTCAAGCAAGGAGTATAATGTGGACATGGTCCCCAAGgtgaactggg ... tctctcgcagTTTATGATGGCAAATGGCACCCTTGTGAGAGTTCTCATCCACACGGATGTC
EST: gi|67571111|gb|BJ943935.1|BJ943935
EST:     CAGCCTTCCTGGGGTCAAGCAAGGAGTATAATGTGGACATGGTCCCCAAG                         TTTATGATGGCAAATGGCACCCNTGTGAGAGTTCTCATCCACACGGATGTC
genomic: CAGCCTTCCTGGGGTCAAGCAAGGAGTATAATGTGGACATGGTCCCCAAGgtgaactggg ... tctctcgcagTTTATGATGGCAAATGGCACCCTTGTGAGAGTTCTCATCCACACGGATGTC
EST: gi|162257732|gb|FC433659.1|FC433659
EST:     CAGCCTTCCTGGGGTCAAGCAAGGAGTATAATGTGGACATGGTCCCCAAG                         TTTATGATGGCAAATGGCACCCTTGTGAGAGTTCTCATCCACACGGATGTC
genomic: CAGCCTTCCTGGGGTCAAGCAAGGAGTATAATGTGGACATGGTCCCCAAGgtgaactggg ... tctctcgcagTTTATGATGGCAAATGGCACCCTTGTGAGAGTTCTCATCCACACGGATGTC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 26 (downstream exon)
Score: 6

TTGTGGAAAAAATTTAAAGGAGATGAAAAGCCTCCAGCCTTCCTGGGGTCAAGCAAGGAGTATAATGTGGACATGGTCCCCAAGgtgaactggg ... tctctcgcagTTTATGATGGCAAATGGCACCCTTGTGAGAGTTCTCATCCACACGGATGTCACAAAATACCTACTGTTTAAGGCTGTGGACGGCAGCTACGTCTATAAGC




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtagcgtatattcgagtcacagcgacggttttttaattttcgttgtctctcgcagTTTATGATGGCAAATGGCACCCTTGTGAGAGTTCTCATCCACACGGATGTCACAAAATACCTACTGTTTAAGGCTGTGGACGGCAGCTACGTCTATAAGC
                              ttttaat  putative branch site (score: 6)
                                    ttttcgttgtctctc  CT-rich tract
                            ttttttaattttcgtt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgaactgggcatggatgtgacatgtgtttgtgggcacaaaagtgattccttcaaattttgtgtcttgtaatggttttgaatgttcgcaacaaaccgagatgaaagtttccttcaagttttagtagcgtatattcgagtcacagcgacggttttttaattttcgttgtctctcgcagTTTATGATGGCAAATGGCACCCTTGTGAGAGTTCTCATCCACACGGATGTCACAAAATACCTACTGTTTAAGGCTGTGGACGGCAGCTACGTCTATAAGC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGCT