1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...aacaagcgaatgttcggcagcagatgcttctcatgctgagtagagactggttaattttggtgttgcgtcggttgtttatgcgtaccagtgctttttgcagGCGAGATACCTTTCACCTGACAAAGCCAAAGTTGAAGAGCTAGCAAGATTATTAGAGGAGAAGAAGATTGGAGTTGTTGCCCATTTTTACATGGATCCGG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S20_135V6.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
actggttaattttggtgttgcgtcggttgtttatgcgtaccagtgctttttgcagGCGAGATACCTTTCACCTGACAAAGCCAAAGTTGAAGAGCTAGCAAGATTATTAGAGGAGAAGAAGATTGGAGTTGTTGCCCATTTTTACATGGATCCGG
ggttaat putative branch site (score: 1)
tgcttttt putative PPT
ttaatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aacaagcgaatgttcggcagcagatgcttctcatgctgagtagagactggttaattttggtgttgcgtcggttgtttatgcgtaccagtgctttttgcagGCGAGATACCTTTCACCTGACAAAGCCAAAGTTGAAGAGCTAGCAAGATTATTAGAGGAGAAGAAGATTGGAGTTGTTGCCCATTTTTACATGGATCCGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - cagatgc
- - - - - - - - - - - - - - -ctcatgc