Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcttgatcgatcatgtttatatcttggttgggatggttacgacattgtgtttcaaatcgttggaggaaagcaatgtatggaattgaaagagtgtttatatggttggccgcattcgtttgtagGTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCGGAGTATCTGGGAGGTGCAGTGACGTGTGACGCATACCATATGACAGATC

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S201_89V6.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162194223|gb|FC371048.1|FC371048
EST:     GGGACAAGGAACGAGAGGGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATTG                         GTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
genomic: GGGACAAGGAACGAGAGGGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATTGgtatgcttga ... tcgtttgtagGTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
EST: gi|67692896|gb|BJ953129.1|BJ953129
EST:     GGGAC-ANGNACGAGA-GGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATTG                         GTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCNTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
genomic: GGGACAAGGAACGAGAGGGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATTGgtatgcttga ... tcgtttgtagGTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
EST: gi|208380712|gb|DC919428.1|DC919428
EST:     GGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATTG                         GTTATGGAGGGCCTGGAGCATGCCNTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
genomic: GGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATTGgtatgcttga ... tcgtttgtagGTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
EST: gi|162277902|gb|FC453825.1|FC453825
EST:     GGGACAAGGAACGAGAGGGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATTG                         GTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCC-TGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
genomic: GGGACAAGGAACGAGAGGGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATTGgtatgcttga ... tcgtttgtagGTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
EST: gi|162192157|gb|FC368306.1|FC368306
EST:     GGGACAAGGAACGAGAGGGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATTG                         GTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
genomic: GGGACAAGGAACGAGAGGGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATTGgtatgcttga ... tcgtttgtagGTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
EST: gi|162220365|gb|FC395733.1|FC395733
EST:     ACAAGGAACGAGAGGGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATTG                         GTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
genomic: ACAAGGAACGAGAGGGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATTGgtatgcttga ... tcgtttgtagGTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
EST: gi|162216433|gb|FC393266.1|FC393266
EST:     GGGACAAGGAACGAGAGGGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATTG                         GTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
genomic: GGGACAAGGAACGAGAGGGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATTGgtatgcttga ... tcgtttgtagGTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
EST: gi|208370717|gb|DC948254.1|DC948254
EST:     GGACANGG-ACGAGAGGGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATT-                         GTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
genomic: GGACAAGGAACGAGAGGGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATTGgtatgcttga ... tcgtttgtagGTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
EST: gi|162184291|gb|FC359700.1|FC359700
EST:     GGGACAAGGAACGAGAGGGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATTG                         GTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
genomic: GGGACAAGGAACGAGAGGGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATTGgtatgcttga ... tcgtttgtagGTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
EST: gi|208362900|gb|DC957911.1|DC957911
EST:     GGGACAAGGAACGAGAGGGGTTCGNGATGGGCGAGGGTGTTGGTGTATTG                         GTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
genomic: GGGACAAGGAACGAGAGGGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATTGgtatgcttga ... tcgtttgtagGTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
EST: gi|162192703|gb|FC370100.1|FC370100
EST:     GGGACAAGGAACGAGAGGGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATTG                         GTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
genomic: GGGACAAGGAACGAGAGGGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATTGgtatgcttga ... tcgtttgtagGTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
EST: gi|67724232|gb|BJ974491.1|BJ974491
EST:     GAACGAGA-GGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATTG                         GTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
genomic: GAACGAGAGGGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATTGgtatgcttga ... tcgtttgtagGTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
EST: gi|162221824|gb|FC398391.1|FC398391
EST:     GGGACAAGGAACGAGAGGGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATTG                         GTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
genomic: GGGACAAGGAACGAGAGGGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATTGgtatgcttga ... tcgtttgtagGTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
EST: gi|208363288|gb|DC954418.1|DC954418
EST:     GGGACAAGGAACGAGAGGGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATTG                         GTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
genomic: GGGACAAGGAACGAGAGGGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATTGgtatgcttga ... tcgtttgtagGTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
EST: gi|162221825|gb|FC398392.1|FC398392
EST:     GGGACAAGGAACGAGAGGGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATTG                         GTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
genomic: GGGACAAGGAACGAGAGGGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATTGgtatgcttga ... tcgtttgtagGTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
EST: gi|162267460|gb|FC444211.1|FC444211
EST:     GGCGA-GGTGCTGGTGTATTG                         G-TAT-GAGAGCCT-GAGCATGCC-TGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
genomic: GGCGAGGGTGCTGGTGTATTGgtatgcttga ... tcgtttgtagGTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
EST: gi|162216432|gb|FC393265.1|FC393265
EST:     GGGACAAGGAACGAGAGGGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATTG                         GTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
genomic: GGGACAAGGAACGAGAGGGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATTGgtatgcttga ... tcgtttgtagGTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
EST: gi|162155215|gb|FC331698.1|FC331698
EST:     GGGACAAGGAACGAGAGGGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATTG                         GTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
genomic: GGGACAAGGAACGAGAGGGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATTGgtatgcttga ... tcgtttgtagGTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
EST: gi|162192702|gb|FC370099.1|FC370099
EST:     GGGACAAGGAACGAGAGGGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATTG                         G-TATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG
genomic: GGGACAAGGAACGAGAGGGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATTGgtatgcttga ... tcgtttgtagGTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 34 (downstream exon)
Score: 18

CAGGGCTTTGTCGACGAGGAACGACAGCCCGCAAACCGCTTCCAGGCCTTGGGACAAGGAACGAGAGGGGTTCGTGATGGGCGAGGGTGCTGGTGTATTGgtatgcttga ... tcgtttgtagGTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCGGAGTATCTGGGAGGTGCAGTGACGTGTGACGCATACCATATGACAGATC




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aagcaatgtatggaattgaaagagtgtttatatggttggccgcattcgtttgtagGTTATGGAGAGCCTGGAGCATGCCTTGAAGCGAGGCGCACCAATTGTAGCGGAGTATCTGGGAGGTGCAGTGACGTGTGACGCATACCATATGACAGATC
                                            ttcgttt  CT-rich tract
                        tgtttatat  TA-rich tract