Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctaaagttggggtatttcgctagggatcgtccatctaaattctcagttgaagtaataaatcaggagtaataacctgacaatgtttgttttgtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGGTCGCTGGTGGAATGGAGAGTATGTCGAATGCTCCTTACTATCTTCCCAA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S160_44V6.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S160_44V6.2 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 3
lower sequence: EFJ25111 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 3
ctaaagttggggtatttcgctagggatcgtccatctaaattctcagttgaagtaataaatcaggagtaataacctgacaatgtttgttttgtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGGTCGCTGGTGGAATGGAGAGTATGTCGAATGCTCCTTACTATCTTCCCAA
           || |  ||||     |  |   | |   || |  |||   ||  |   ||||    ||  |  |||    |||||| |   |    ||||   | | || ||||| ||||| |||||||| ||   |||||||||||| ||||| || || |||||||| ||||| ||| |||| || |||||||| ||
-----------gtgtg-cgcttcttttgttttgtttttcttttt-gttcttgtcctgggtcag--acaaggat-tgaatgcgtttgtctctgtctcgcagCGACTGTTCTTGCTGCGCAAAGTATTCAGCTGGGATTGAATGACGTGGTTGTCGCCGGAGGCATGGAGAGCATGTCTAATACTCCCTATTATCTTCCGAA

upper sequence: PP1S160_44V6.2 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 3
lower sequence: EFJ29932 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 3
ctaaagttggggtatttcgctagggatcgtccatctaaattctcagttgaagtaataaatcaggagtaataacctgacaatgtttgttttgtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGGTCGCTGGTGGAATGGAGAGTATGTCGAATGCTCCTTACTATCTTCCCAA
         | ||      ||     | ||   | |   ||||  |||   ||  |  |||||    ||  |  |||    |||||| |   |    ||||   | | || ||||| ||||| |||||||| ||   |||||||||||| ||||| || || |||||||| ||||| ||| |||| || |||||||| ||
---------gtgtgcgcttct----tttgtttttttt--ttctttgttcttgtcctggatcag--acaaggat-tgaattcgtttgtctctgtctcgcagCGACTGTTCTTGCTGCGCAAAGTATTCAGCTGGGATTGAATGACGTGGTTGTCGCCGGAGGCATGGAGAGCATGTCTAATACTCCCTATTATCTTCCGAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100384912|gb|BY969647.1|BY969647
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|67718754|gb|BJ969013.1|BJ969013
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|18358109|gb|BJ190168.1|BJ190168
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGGACGTGGTG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATG-ACGTGGTG
EST: gi|162258773|gb|FC434572.1|FC434572
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|100445895|gb|CJ970194.1|CJ970194
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|18325088|gb|BJ157084.1|BJ157084
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGTGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|100421800|gb|BY993649.1|BY993649
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|18331714|gb|BJ163725.1|BJ163725
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGTGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|18360796|gb|BJ192859.1|BJ192859
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|18349630|gb|BJ181680.1|BJ181680
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|208389079|gb|DC937412.1|DC937412
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|40781593|gb|AJ583523.1|AJ583523
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|208400031|gb|DC908608.1|DC908608
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|100364678|gb|BY947854.1|BY947854
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|208390080|gb|DC942381.1|DC942381
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|100387301|gb|BY970445.1|BY970445
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|162156306|gb|FC332330.1|FC332330
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|208391223|gb|DC933512.1|DC933512
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|18345885|gb|BJ177928.1|BJ177928
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|208367731|gb|DC940202.1|DC940202
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|100432533|gb|BY960504.1|BY960504
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|208369407|gb|DC936096.1|DC936096
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|162166659|gb|FC343551.1|FC343551
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|208358809|gb|DC935195.1|DC935195
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|100448720|gb|CJ973019.1|CJ973019
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|100386211|gb|BY987878.1|BY987878
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
EST: gi|208358457|gb|DC930589.1|DC930589
EST:     CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAG                         CTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG
genomic: CACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 26 (upstream exon), 31 (downstream exon)
Score: 4

CTTGGACAAGCTCCGGCACGGCAGGCCTCCATTGGGGCAGGGCTTCCCAACACTGCACCTTGCACGACTGTCAACAAAGTCTGTGCTTCGGGCATGAAAGgtaggtattc ... gtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGGTCGCTGGTGGAATGGAGAGTATGTCGAATGCTCCTTACTATCTTCCCAA




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttgaagtaataaatcaggagtaataacctgacaatgtttgttttgtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGGTCGCTGGTGGAATGGAGAGTATGTCGAATGCTCCTTACTATCTTCCCAA
                                         ttttgttt  CT-rich tract
                                     tttgttttgtttaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ctaaagttggggtatttcgctagggatcgtccatctaaattctcagttgaagtaataaatcaggagtaataacctgacaatgtttgttttgtttaaacagCTGTTATGCTAGCTGCTCAAAGCATTCAGCTAGGTCAGAATGACGTGGTGGTCGCTGGTGGAATGGAGAGTATGTCGAATGCTCCTTACTATCTTCCCAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA